关于公务员病假期间是否扣年假以及如何计算的问题，这实际上涉及到了病假与年假的两种不同休假制度及其相互影响。首先，我们需要明确的是，公务员的病假和年假是两种独立的休假类型，病假本身并不直接导致年假的扣除。不过，如果病假时间较长，可能会影响到年假的享受，具体来说：

一、病假期间的工资待遇

公务员因病不能上班时，需按规定提交病假申请及医疗证明。其病假期间的工资待遇与工作年限和病假时长紧密相关，具体规定如下：

1. 病假在2个月以内（含2个月）：

   • 基本工资（包括职务工资、级别工资）、津贴补贴均全额发放。

2. 病假超过2个月但不满6个月：

   • 从第3个月起，根据工作年限的不同，基本工资、生活性补贴和工作性津贴的计发比例会有所调整。工作年限不满10年的，基本工资按90%计发，生活性补贴全额计发，工作性津贴按50%计发；工作年限满10年及以上的，基本工资全额发放，生活性补贴和工作性津贴按规定执行（部分地区可能有所调整）。

3. 病假超过6个月：

   • 从第7个月起，根据工作年限的不同，基本工资的计发比例会进一步调整，同时工作性津贴可能会停发。具体来说，工作年限不满10年的，基本工资按70%计发；工作年限满10年不满20年的，基本工资按80%计发；工作年限满20年及以上的，基本工资按90%计发。生活性补贴在所有情况下均全额计发。

二、病假与年假的关系

• 年假的享受：公务员按照国家规定享有年假，年假的天数根据工作年限的不同而有所差异。年假的享受通常不受病假的影响，除非病假时间过长导致无法在当年内安排年假。

• 病假过长对年假的影响：如果公务员在一年内病假时间过长（具体标准可能因地区而异，一般连续病假超过一定天数或全年累计病假超过一定天数），可能会影响到当年年假的享受。在这种情况下，单位可能会根据规定调整或取消该公务员的年假计划。但这并不意味着病假直接扣除了年假，而是由于病假时间过长导致无法安排年假。

三、特别提示

• 不同地区可能会根据本地实际情况在国家政策基础上进行细化和调整，具体的病假工资待遇和年假政策应以当地的公务员管理相关规定和政策为准。

• 公务员在请假前应仔细了解相关政策，并按照规定提交申请和相关证明材料。如果因病假时间过长而影响到年假的享受，建议与单位人事部门进行沟通协商，以寻求合理的解决方案。

综上所述，公务员的病假和年假是两种独立的休假类型，病假本身并不直接导致年假的扣除。但病假时间过长可能会影响到年假的享受，具体情况需根据当地政策和单位规定来确定。