民营企业设立档案室存放员工档案是否合法，需分情况讨论：
档案管理是一项具有专业性和规范性要求的工作，它涉及到人员身份认定、工资调整、职称评定、社会保险、退休办理等诸多重要事项。根据我国档案管理的相关规定及实践操作，大多数民营企业并不满足规范的管理流程、安全的保管环境以及专业的管理人员等条件，因此通常不具备直接管理本单位员工人事档案的资质。人事档案的管理一般由具有人事管理权的单位来负责，如国家机关、国有企事业单位等，这些单位有专门的人事管理部门和档案管理人员，能够确保档案的完整、真实和安全。
对于一些大型民营企业集团，如果它们经过当地档案行政管理部门以及人力资源和社会保障部门等相关部门的审批，并设立了专门的档案管理机构，满足了档案保管的场地、设施设备、管理制度、专业人员等一系列要求，那么这些企业是可以存放本企业员工的档案的。这种情况下，民营企业设立档案室并存放员工档案是合法的。
对于大多数没有档案保管资质的民营企业而言，员工档案的去向主要有两种：
公共就业和人才服务机构：员工档案一般会存放在企业注册地或员工户籍所在地的公共就业和人才服务机构，如当地的人才市场、人力资源服务中心等。这些机构是政府设立的，专门负责档案管理等相关工作，具备专业的档案管理经验和能力，能够提供规范的档案管理服务。
委托管理：民营企业也可以选择委托有资质的第三方人力资源服务机构来管理员工档案。这些机构同样具备相应的档案管理能力和资质，能够按照规定为企业提供档案管理服务。此外，民营企业还可以考虑与当地的国有企业或者事业单位建立合作关系，将员工档案交由其代为管理。
法律建议：
如果民营企业希望设立档案室并存放员工档案，应首先咨询当地档案行政管理部门以及人力资源和社会保障部门，了解具体的审批流程和要求，确保自身满足所有条件后再进行申请。
对于大多数没有档案保管资质的民营企业，建议选择将员工档案存放在公共就业和人才服务机构或委托有资质的第三方机构进行管理，以确保员工档案的合法、规范和安全管理。
民营企业应重视员工档案的管理工作，确保档案的完整性和真实性，避免因档案管理不善而引发的法律纠纷和员工权益受损问题。
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