结论：挂靠公司收取车主百分之十三的二手车交易税是否合法，需根据具体情况判断，若该税种非法定或税率超出法定范围，则不合法；若符合相关税收法规，则可能合法。以下从不同角度详细分析：

一、税收法定原则

根据税收法定原则，任何税种的设立、税率的确定以及税收征收管理等，都必须依照法律规定进行。这意味着，如果挂靠公司收取的“二手车交易税”并非法定税种，或者其税率超出了法律规定的范围，那么这种收费行为就是不合法的。

二、二手车交易相关税费

在二手车交易中，通常涉及的税费包括增值税、车辆购置税（新车已缴纳则二手车交易时不需再缴）、个人所得税（如卖方为个人且交易价格高于原值时可能涉及）等。但并未有一个普遍适用的、税率为百分之十三的“二手车交易税”。因此，如果挂靠公司声称收取的是“二手车交易税”，且税率为百分之十三，这很可能不是法定税种或法定税率。

三、挂靠公司的收费行为

1. 如果收费无法律依据：

   • 挂靠公司收取非法定税种或超出法定税率的费用，可能构成违法收费。车主有权拒绝支付，并可以向相关部门（如税务部门、市场监管部门）投诉举报。

2. 如果收费有特定依据：

   • 在某些特殊情况下，如挂靠公司与车主之间有特别约定，或者挂靠公司提供了某些特定服务并因此收取费用（但这种费用通常不应以“税”的名义收取），且该约定或服务不违反法律法规的强制性规定，那么这种收费行为可能是合法的。但即便如此，挂靠公司也应明确告知车主收费的项目、标准和依据，并确保收费的透明度和合理性。

四、车主的应对措施

1. 核实收费依据：

   • 车主应要求挂靠公司提供收费的法律依据或相关文件，以核实该收费是否合法。

2. 咨询专业律师或税务部门：

   • 如果车主对挂靠公司的收费行为有疑问或不满，可以咨询专业律师或当地税务部门，以获取更准确的法律意见和税务指导。

3. 维护自身权益：

   • 如果确认挂靠公司的收费行为违法或不合理，车主有权拒绝支付，并可以通过法律途径维护自身权益，如向法院提起诉讼或向相关部门投诉举报。

建议：车主在面对挂靠公司的收费要求时，应保持警惕并仔细核实收费的合法性和合理性。如有任何疑问或不满，应及时咨询专业律师或相关部门以获取帮助。同时，我也建议车主在签订挂靠协议或进行二手车交易时，务必明确约定各项费用和责任，以避免后续纠纷的发生。