结论前置：公司不能因退休时内部工程资料未办理移交而扣留退休证。
法律背景与解释：
退休证的性质与发放：
- 退休证是职工达到法定退休年龄，依法享受养老保险待遇的凭证。它标志着职工与用人单位之间劳动关系的终止，以及职工开始享受退休生活的权利。
- 退休证的发放是用人单位的法定义务，与职工是否完成工作交接无直接关联。用人单位不得以任何理由扣留或拒绝发放退休证。
工作交接与退休的关系：
- 工作交接是职工在离职前应履行的义务，包括移交工作资料、工具、设备等。这是确保公司正常运营和后续工作顺利进行的重要环节。
- 然而，工作交接的完成与否并不影响职工退休的资格和退休证的发放。如果职工未完成工作交接，公司可以通过其他合法途径（如提起民事诉讼）来追究其责任，但不得扣留退休证。
公司的合法维权途径：
- 如果公司认为职工未完成工作交接给其造成了损失，可以收集相关证据，通过法律途径（如向法院提起诉讼）来要求职工承担赔偿责任。
- 在诉讼过程中，公司需要提供充分的证据证明职工未完成工作交接的事实，以及因此造成的具体损失。法院将根据事实和法律规定作出判决。
法律建议：
- 对于公司：如果职工退休时未完成工作交接，公司应首先与职工进行沟通，要求其尽快完成交接。如果职工拒绝或无法完成交接，公司可以收集相关证据，通过法律途径来维护自己的权益。但切记不得扣留退休证或采取其他非法手段来迫使职工完成交接。
- 对于职工：如果公司以未完成工作交接为由扣留退休证，职工可以与公司进行协商，要求其立即发放退休证。如果协商无果，职工可以向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果公司扣留退休证，可能面临劳动监察部门的处罚或职工的劳动仲裁申请，甚至可能因此承担法律责任。
- 职工如果因公司扣留退休证而遭受损失（如无法及时享受养老保险待遇等），可以要求公司进行赔偿。
总之，公司不能因退休时内部工程资料未办理移交而扣留退休证。双方应通过合法途径来解决工作交接和退休证发放的问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。