结论：公司不让填劳动合同而填合作协议，这一行为是否合法需分情况讨论，一般情况下不合法，但若双方确实构成合作关系则合法。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同与合作协议的法律性质
劳动合同：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。劳动合同的签订是建立劳动关系的法定要求，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系，并应当订立书面劳动合同。
合作协议：合作协议则通常用于规范双方之间的合作关系，如合伙、合作经营等。它并不直接涉及劳动关系的建立，而是基于双方共同的目标或利益，约定各自的权利和义务。
二、公司行为的合法性分析
若双方构成劳动关系：
- 如果员工在公司工作，接受公司的管理，从事公司安排的有报酬的劳动，且该劳动是公司业务的组成部分，那么双方之间构成劳动关系。
- 在这种情况下，公司应当与员工签订劳动合同，而不是合作协议。公司不让填劳动合同而填合作协议，可能是为了规避劳动法的规定，如避免支付社会保险、加班费等，这种行为是不合法的。
- 员工有权要求公司签订劳动合同，并可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
若双方构成合作关系：
- 如果员工与公司之间是基于共同的目标或利益，以平等的身份进行合作，如共同投资、共同经营等，那么双方之间可能构成合作关系。
- 在这种情况下，签订合作协议是合法的，因为合作协议正是用于规范双方之间的合作关系的。
- 但需要注意的是，即使双方签订的是合作协议，如果实际上构成了劳动关系（如员工接受公司的管理、从事公司安排的有报酬的劳动等），那么公司仍然需要遵守劳动法的规定，如支付社会保险、加班费等。
三、法律建议
对于员工：
- 如果认为自己与公司之间构成劳动关系，但公司却要求签订合作协议，员工应当谨慎对待，并仔细审查合作协议的内容。
- 如果合作协议的内容实际上是在规避劳动法的规定，员工有权拒绝签订，并可以要求公司签订劳动合同。
- 如果公司坚持不签订劳动合同，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于公司：
- 公司应当明确与员工之间的法律关系，如果构成劳动关系，则应当依法签订劳动合同。
- 如果确实希望与员工建立合作关系，则应当确保合作协议的内容合法、合规，并明确双方的权利和义务。
- 公司应当避免通过签订合作协议等方式来规避劳动法的规定，否则可能面临法律风险和赔偿责任。
进一步思考：在实际操作中，劳动合同与合作协议的界限有时并不那么清晰。因此，在签订任何协议之前，双方都应当仔细审查协议的内容，并咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到保障。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。