结论：招标文件中无预付款条款，而实际签订的合同中有该条款，这一情形本身并不直接违反《招标投标法》的相关规定，但需结合具体情况判断其合法性及效力。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律原则与规定
合同自由原则：
- 根据《民法典》的相关规定，合同双方当事人在平等、自愿的基础上，有权自由约定合同的内容，包括预付款条款。因此，从合同自由的角度来看，实际签订的合同中包含预付款条款是合法的。
招标投标法的规定：
- 《招标投标法》主要规范的是招标投标活动的程序和要求，确保招标投标活动的公开、公平、公正。它并未直接规定合同中必须包含或不得包含哪些具体条款，如预付款条款。
- 然而，如果招标文件在招标过程中已经明确规定了合同的主要条款或条件，并且这些条款或条件对投标人具有约束力，那么投标人在投标时应当对这些条款或条件予以响应。如果实际签订的合同与招标文件中的主要条款或条件存在实质性差异，且这种差异未经过合法的变更程序，那么可能构成对招标投标法规定的违反。
二、具体情形分析
招标文件未明确禁止预付款：
- 如果招标文件中并未明确禁止预付款，且实际签订的合同中的预付款条款并未对招标投标活动的公平性、公正性产生实质性影响，那么该条款通常是有效的。
招标文件明确禁止或限制预付款：
- 如果招标文件中明确禁止或限制了预付款，而实际签订的合同中却包含了预付款条款，那么这种情形可能构成对招标文件规定的违反。此时，需要进一步分析这种违反是否构成了对招标投标法规定的实质性违反，以及是否影响了中标结果的合法性。
- 如果这种违反并未影响中标结果的合法性，且双方当事人均同意该条款，那么可以通过协商、补充协议等方式对合同进行修正或确认。但如果这种违反影响了中标结果的合法性，或者一方当事人对此提出异议，那么可能需要通过法律途径解决争议。
三、法律建议
审查招标文件与合同：
- 建议仔细审查招标文件与实际签订的合同，特别是关于预付款条款的规定。如果发现存在不一致或冲突的情况，应及时与对方沟通协商，寻求解决方案。
遵循合法变更程序：
- 如果需要对合同中的预付款条款进行变更，应确保变更程序合法合规。这通常包括双方协商一致、签订书面变更协议等步骤。
寻求法律帮助：
- 如果对招标文件与合同中的预付款条款存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。
总结：招标文件中无预付款条款而实际签订的合同中有该条款，并不直接违反《招标投标法》的相关规定。但需结合具体情况判断其合法性及效力，特别是要审查招标文件与合同中的相关规定是否一致，以及是否遵循了合法的变更程序。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师。