劳动者一般不能直接申请仲裁确认与已经注销的单位存在劳动关系，但具体情况还需结合单位注销时的清算程序、债权债务处理情况等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 单位注销后的法律地位：

   • 单位注销意味着其法人资格的终止，即该单位在法律上已不存在。劳动关系是劳动者与用人单位之间基于劳动合同而产生的法律关系，既然用人单位已不存在，那么从法律上讲，劳动关系也就自然终止。
   • 因此，在单位注销后，劳动者通常无法再直接申请仲裁确认与该单位存在劳动关系，因为仲裁的前提是双方存在争议且争议主体（即用人单位）必须存在。

2. 特殊情况下的处理：

   • 如果单位在注销时未依法进行清算，或者清算过程中存在违法行为（如未通知债权人、隐匿财产等），导致劳动者的合法权益受到损害，劳动者可以依法向清算义务人（如股东、董事等）主张权利。
   • 在这种情况下，虽然劳动者不能直接申请仲裁确认与已注销单位存在劳动关系，但可以通过法律途径追究清算义务人的责任，要求其承担因未依法清算而给劳动者造成的损失。

3. 仲裁申请的替代方案：

   • 如果劳动者认为单位注销前存在未解决的劳动争议（如工资未支付、经济补偿未给付等），且该争议与单位注销前的行为有关，劳动者可以在单位注销前或注销过程中及时申请仲裁，以维护自己的合法权益。
   • 如果单位已经注销，但劳动者有证据证明单位注销前存在违法行为且该违法行为与劳动者的权益受损有直接关系，劳动者也可以考虑向相关部门（如劳动监察部门）投诉或提起民事诉讼（如针对清算义务人提起诉讼）。

4. 法律建议：

   • 对于劳动者而言，在单位注销前应密切关注单位的动态，及时了解单位是否依法进行清算、债权债务是否得到妥善处理等信息。
   • 如果发现单位存在违法行为或可能损害自己合法权益的情况，应及时采取措施（如申请仲裁、提起诉讼等）以维护自己的权益。
   • 在处理此类问题时，建议劳动者咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。

综上所述，虽然劳动者一般不能直接申请仲裁确认与已经注销的单位存在劳动关系，但在特定情况下仍可以通过法律途径追究相关责任人的责任或维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。