合同中约定加班工资基数是合法的，但必须符合法律规定，确保劳动者的合法权益不受损害。以下是对这一问题的详细分析：

一、约定的合法性与有效性

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位与劳动者在签订劳动合同时，可以明确约定加班工资的计算基数。这种约定在双方自愿、平等且协商一致的基础上达成，且不违反国家法律法规的强制性规定，因此是合法有效的。然而，该约定必须满足以下条件：

1. 不得低于最低工资标准：加班工资计算基数不得低于当地规定的最低工资标准，这是保障劳动者基本生活和合法权益的底线要求。若劳动合同中约定的加班工资计算基数低于当地最低工资标准，则该约定无效，应按照法定标准执行。

2. 明确计算基数的构成：约定中应明确是以基本工资、岗位工资、绩效工资等何种工资构成部分作为加班工资计算基数，以确保双方对计算方式有清晰的认识和一致的理解。

3. 遵循公平合理原则：计算基数的约定应在合理范围内，不能过分压低劳动者的加班报酬。若约定明显不合理，损害了劳动者的合法权益，在发生劳动争议时，可能会被认定为无效约定，并按照法定标准来确定加班工资计算基数。

二、加班工资计算基数的确定方式

1. 劳动合同有约定：当劳动合同中有明确约定时，应按照劳动合同的约定执行加班工资的计算。但需注意，该约定工资数额不得低于当地最低工资标准。

2. 劳动合同无约定：若劳动合同中没有约定加班工资计算基数，则按照以下顺序确定：

   • 首先，按照集体合同的约定执行；
   • 若集体合同也未约定，可由用人单位与职工代表通过工资集体协商确定，并签订工资集体协议；
   • 若无任何约定，则按劳动者本人所在岗位（职位）正常出勤的月工资的70%确定，但同样不得低于当地最低工资标准。

3. 特殊工资制度：

   • 对于实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后，由用人单位安排延长工作时间的，应根据上述原则，分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%、200%、300%支付其工资。
   • 对于实行综合计算工时工作制的劳动者，当综合计算周期为季度或年度时，应将综合周期内的月平均工资作为加班费计算基数。

三、约定无效的法律后果

如果劳动合同中关于加班工资计算基数的约定违反了法律规定，如低于最低工资标准或畸低于劳动者正常工作时间工资标准，该约定将被认定为无效。此时，加班工资的计算应严格遵循法律规定的标准执行，即按照不低于工资的150%、200%和300%支付加班工资。

四、建议与防范措施

1. 仔细审查合同条款：在签订劳动合同时，双方应仔细审查合同条款，确保其内容符合法律法规的规定。特别是关于加班工资计算基数的约定，必须严格遵守法律规定的最低标准。

2. 明确约定计算基数：为避免后续争议，用人单位与劳动者应在劳动合同中明确约定加班工资的计算基数，并确保该约定符合公平合理原则。

3. 咨询专业律师：如果遇到劳动合同中存在模糊或不确定条款的情况，建议及时咨询专业律师，以维护自己的合法权益。当然，你也可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。

综上所述，合同中约定加班工资基数是合法的，但必须严格遵循相关法律法规和原则，确保劳动者的合法权益得到充分保障。