若原告不认可被告宅基地使用证作为相邻关系通行权案件的证据，可通过以下途径处理：

1. 在举证期限内提出书面异议
   原告应在法院指定的举证期限内提交《证据异议书》，明确指出宅基地使用证存在的瑕疵（如颁发程序违法、权属登记错误、与实际边界不符等），并附相关证据（如历史地籍资料、现场勘验记录、证人证言等）。若异议涉及证件真实性（如伪造公章），可申请司法鉴定。

2. 申请法院调查取证或现场勘验
   根据《民事诉讼法》第67条，原告可申请法院向自然资源部门调取宅基地审批档案，或要求对争议地块进行实地勘验。例如，若被告宅基地使用证标注的边界与现场地形明显矛盾，勘验结果可作为否定其证明力的直接证据。

3. 主张宅基地使用证与通行权无关联性
   即使宅基地使用证真实有效，原告可论证其与通行权争议无关。例如：

   • 被告宅基地范围未覆盖原告必经通道；
     
   • 通行权基于历史形成或法律特别规定（如《民法典》第291条“必要通行权”）；
     
   • 被告使用宅基地时已实际阻碍通行（如修建围墙截断道路）。

4. 通过行政诉讼间接否定证据效力
   若原告认为宅基地使用证本身违法（如超越审批面积、侵犯集体土地），可另行提起行政诉讼请求撤销该证件。但需注意：行政诉讼期间，原民事案件可能中止审理，需评估时间成本。

实务建议：

• 优先在民事案件中通过举证、质证程序否定证据，行政诉讼作为备选方案；
  
• 收集1987年《土地管理法》实施前的地籍资料（如生产队账册、分地协议），这些材料可能成为推翻现行证件的关键；
  
• 若争议通道形成于被告建房前，可主张被告负有容忍通行义务，无需依赖宅基地使用证效力。

如有具体证据材料或案件细节，可进一步向我说明，我会结合地域司法实践提供针对性策略。