在原告与被告宅基地使用权不明的情况下，法院的判决通常会基于现有证据、法律规定以及公平原则进行综合考量，一般不会直接确认宅基地使用权归属，而是可能驳回原告诉求、判决双方限期举证或通过调解解决争议。以下是具体分析：

1. 驳回原告诉求，待证据充分后另行起诉
   若双方均无法提供有效证据证明宅基地使用权归属（如宅基地证、土地登记档案、历史使用凭证等），且争议土地权属存在历史遗留问题或行政机关未明确确权，法院可能以“证据不足”为由驳回原告诉求，并告知双方需先通过行政确权程序（如向自然资源部门申请确权）或补充证据后，再行提起民事诉讼。

2. 判决双方限期举证，或中止诉讼待行政确权
   若法院认为争议可能涉及行政机关的权属认定（如宅基地证登记错误、未登记等），可能依据《民事诉讼法》第153条，裁定中止诉讼，要求双方先向行政机关申请确权。待行政机关出具确权决定后，法院再恢复审理并依据行政决定作出判决。

3. 基于公平原则调解或按现状处理
   若争议土地长期由一方实际使用，且无相反证据证明其非法占有，法院可能根据“实际使用现状”和“公平原则”进行调解，促成双方达成协议（如划分使用权、补偿等）。若调解不成，法院可能判决维持现状，并建议双方通过行政确权或协商解决，避免“空判”导致执行困难。

法律依据与实务要点：

• 根据《土地管理法》第14条，土地所有权和使用权争议由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。对处理结果不服的，可向法院起诉。
  
• 宅基地使用权属行政确权前置问题：实务中，法院通常要求当事人先通过行政程序确权，再处理民事侵权或合同纠纷，以避免司法权与行政权冲突。
  
• 证据规则：当事人需提供宅基地证、建房审批文件、历史缴费凭证等证据，否则可能承担举证不能的不利后果。

建议：
若您涉及此类纠纷，需尽快收集宅基地证、土地登记档案、建房审批文件、历史使用凭证（如水电费单据、邻居证言）等证据，并咨询律师评估行政确权或诉讼策略。如有进一步问题，可直接向我提问，我会结合具体案情为您详细分析。