建设单位在与分包单位合作时，确实需要签订安全管理协议，但具体情形需根据项目是否实行总承包制度来区分。以下是对这一问题的详细分析：
一、实行总承包制度的项目
在工程项目实行总承包制度时，总承包企业与分包企业必须签订安全生产管理协议。这一要求主要基于《建设工程安全生产管理条例》第二十四条的规定，该条例明确指出：
总承包单位责任：建设工程实行施工总承包的，由总承包单位对施工现场的安全生产负总责。总承包单位应当自行完成建设工程主体结构的施工，并依法将建设工程分包给其他单位时，在分包合同中明确各自在安全生产方面的权利与义务。
分包单位责任：分包单位应当服从总承包单位的安全生产管理，并对其分包范围内的安全生产工作负责。若分包单位不服从管理导致生产安全事故的，由分包单位承担主要责任。同时，总承包单位和分包单位对分包工程的安全生产承担连带责任。
协议内容：安全生产管理协议应明确双方在项目实施过程中的安全生产责任，包括安全生产职责划分、安全管理目标与措施、安全监督与检查机制、事故处理与报告流程以及违约责任与争议解决等。
二、未实行总承包制度的项目
对于未实行总承包制度，而是由建设单位直接将工程分包给多个分包单位的情况，建设单位同样需要与各分包单位签订安全管理协议。虽然《建设工程安全生产管理条例》第二十四条主要针对的是总承包单位与分包单位的关系，但建设单位作为工程的发包方，对工程的安全生产同样负有重要责任。通过签订安全管理协议，建设单位可以明确各分包单位在安全生产方面的责任和义务，确保工程的安全进行。
三、安全管理协议的重要性
明确责任：通过签订安全管理协议，可以明确建设单位与分包单位在安全生产方面的具体责任和义务，避免责任不清导致的推诿和扯皮。
预防事故：协议中规定的安全管理目标和措施、安全监督与检查机制等，有助于预防和控制安全事故的发生，保障施工现场人员的生命安全和财产安全。
法律保障：一旦发生安全事故，安全管理协议可以作为处理事故、划分责任的重要依据，为各方提供法律保障。
四、建议
签订详细协议：建设单位在与分包单位签订安全管理协议时，应确保协议内容详细、全面，明确双方的权利和义务、安全管理目标和措施、事故处理与报告流程等。
加强监督与管理：建设单位应加强对分包单位的安全生产监督与管理，定期组织安全检查，及时发现并纠正安全隐患。
提高安全意识：建设单位应组织分包单位参加安全生产教育培训，提高各方人员的安全意识和操作技能，共同营造安全、和谐的施工环境。
如有任何关于建设工程安全管理协议的具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。