结论：营运车辆在交通事故中即使负主要责任，也有权向对方（非营运车辆次要责任方）主张停运费，该费用属于因事故导致的间接损失，应按照责任比例由对方分担。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
- 《中华人民共和国民法典》：该法明确规定，当营运车辆因事故导致停运时，责任方需对由此产生的经济损失负责。
- 《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十二条：该条款明确指出，因道路交通事故造成依法从事货物运输、旅客运输等经营性活动的车辆无法从事相应经营活动所产生的合理停运损失，当事人请求侵权人赔偿的，人民法院应予支持。
二、停运费的定义与性质
停运费是交通事故导致的间接损失，指营运车辆因事故维修等合理期间内无法从事正常运营活动所遭受的收入减少。只要对方对事故发生存在过错，就应按责任比例分担此损失。例如，若营运车辆在事故中负主要责任，对方负次要责任，那么营运车辆的停运费应由对方按照其责任比例进行分担。
三、停运费的计算
- 计算基础：停运费基于车辆实际的误工收入和停运时间来计算。误工费计算公式为：务工收入 × 误工天数。
- 务工收入的确定：
- 若车辆有固定的营运收入，根据停运时间直接计算损失金额。例如，一辆货车每天固定收入为1000元，因事故停运5天，则停运费为5000元。
- 若车辆无固定营运收入，可参考相同或相近行业车辆的平均营运收入来计算。这通常需要提供行业平均收入证明或相关统计数据。
四、主张停运费的条件与证据
- 条件：车辆必须为合法的营运车辆，持有营运证等相关证件。这是主张停运费的前提条件，因为只有合法营运的车辆才能产生合法的停运损失。
- 证据：提供营运合同、收入流水、停运时间证明等材料，以证明停运期间实际减少的收入情况。这些证据是主张停运费的关键，能够直接证明停运损失的存在和金额。
五、赔偿流程
- 协商：首先向侵权人（即对方车辆车主或驾驶员）提出赔偿要求，并就停运损失的数额进行协商。协商过程中，应提供充分的证据支持自己的主张。
- 诉讼：若协商不成，可通过诉讼方式向人民法院提起诉讼，请求判决侵权人赔偿停运损失。法院会委托鉴定评估机构对停运损失进行评估，并根据评估结果作出判决。在诉讼过程中，应积极配合法院的工作，提供必要的证据和材料。
六、特殊情况处理
- 对方车辆有保险：若对方车辆有交强险或商业三者险，保险公司需在责任限额内进行赔付。这可以减轻侵权人的经济负担，但需要注意的是，保险公司的赔付通常有一定的限额和条件。
- 营运车辆自身保险：营运车辆自身投保的停运损失险等险种，也可以在事故发生后提供一定的经济保障。但同样需要注意保险条款中的赔付条件和限额。
建议：在处理此类案件时，作为营运车辆的车主或驾驶员，应保留好相关证据，如营运合同、收入流水、停运时间证明等，以便证明自己的损失和侵权行为的因果关系。同时，也可以考虑在事故发生后及时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。