结论前置：与未依法登记注册的企业是否构成劳动关系，需根据具体情况判断。若该企业虽未登记但从事合法经营活动，且满足劳动关系的实质特征，则双方可形成事实劳动关系；若该企业非法成立或已被吊销营业执照等，则双方不构成标准的劳动关系。
详细分析如下：
一、可形成事实劳动关系的情况
主体资格与实质经营：
- 即便企业未进行工商登记，只要其从事的是合法经营活动，且劳动者达到法定就业年龄、具备劳动能力，双方就满足了作为劳动关系主体的资格条件。例如，一些家庭作坊或小型工厂虽未注册登记，但长期雇佣工人从事生产活动，这种情况下，双方仍可能构成劳动关系。
从属性特征：
- 劳动关系中的从属性是重要特征之一，要求劳动者接受用人单位的指挥、管理，并且用人单位向劳动者支付劳动报酬。如果未登记的企业依法制定了各项劳动规章制度，并适用于劳动者，劳动者也受该企业的劳动管理，从事其安排的有报酬的劳动，那么这就体现了劳动关系的从属性。
业务组成部分：
- 劳动者提供的劳动必须是用人单位业务的组成部分。只要劳动者所从事的工作是该企业整体业务的一部分，就符合劳动关系的这一特征。
法律依据：
- 根据《劳动合同法》第九十三条：“对不具备合法经营资格的用人单位的违法犯罪行为，依法追究法律责任；劳动者已经付出劳动的，该单位或者其出资人应当依照本法有关规定向劳动者支付劳动报酬、经济补偿、赔偿金。”这表明，即使企业未登记，只要存在实际用工行为，仍需承担劳动法上的责任。
- 同时，根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号）第一条，劳动关系成立需同时满足三个条件，包括主体资格、从属性特征和业务组成部分，这些条件同样适用于未登记的企业。
二、不构成标准劳动关系的情况
非法成立或不具备合法经营资格：
- 如果企业未经登记注册，也未取得合法的经营资格（如未取得营业执照或相关行政许可），则该企业不具备合法的用人单位主体资格。此时，双方之间的关系一般按照劳务关系或雇佣关系处理，而非劳动关系。劳动者的权益保护可能受到一定影响，如无法完全按照劳动关系的标准主张劳动报酬、社会保险、工伤待遇等权利。
企业被撤销或执照被吊销：
- 如果企业原本具备合法经营资格，但后来因某种原因被撤销或执照被吊销，且在此之后仍继续用工，那么双方的关系同样不能被认定为劳动关系。在这种情况下，劳动者虽然有权要求企业给予相应的报酬，但双方的法律关系已不再是劳动关系。
三、风险提示与建议
劳动者权益保护：
- 劳动者在入职前应核实企业的资质，保留考勤记录、工资条等证据。若遇纠纷，可向劳动监察部门投诉或通过劳动仲裁主张双倍工资差额等权益。
企业合规建议：
- 企业应严格按照法律法规的要求进行登记注册，并在取得合法经营资格后再进行招聘和用工。这样不仅能确保企业的合法合规运营，还能更好地保障劳动者的合法权益。对于未登记的企业，若需用工，可考虑签订劳务合同并购买商业保险以降低法律风险。
综上所述，与未依法登记注册的企业是否构成劳动关系，需根据具体情况进行判断。若您在此方面遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。