结论：分公司注销后，员工确实有可能直接起诉总公司以确定劳动关系，但具体能否成功需视情况而定。以下从多个角度进行分析：

一、法律背景与依据

1. 分公司与总公司的法律关系：

   • 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。
   • 分公司注销后，其法律地位消失，但总公司作为其上级法人单位，仍需承担相应的法律责任。

2. 劳动关系的确认：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，劳动关系是指用人单位与劳动者之间，依法所确立的劳动过程中的权利义务关系。
   • 分公司注销后，若员工与分公司之间存在劳动关系，且该劳动关系未因分公司注销而自然终止（如未获得经济补偿或未妥善安置），员工有权向总公司主张权利。

二、案例分析与实践

1. 成功案例：

   • 在某些情况下，法院会认定分公司注销后，员工与总公司之间存在事实劳动关系。这通常发生在分公司注销前未与员工妥善解决劳动关系问题，如未支付经济补偿、未办理离职手续等。
   • 例如，某分公司注销后，员工起诉总公司要求确认劳动关系并支付工资及经济补偿。法院经审理认为，分公司注销前未与员工解除劳动关系，且总公司作为分公司的上级法人单位，应承担相应责任，因此判决支持员工的诉讼请求。

2. 不成功案例：

   • 并非所有情况下员工都能直接起诉总公司确认劳动关系。如果分公司注销前已与员工妥善解决劳动关系问题，如支付了经济补偿、办理了离职手续等，且员工未提出异议，那么员工再起诉总公司确认劳动关系的请求可能不会被支持。
   • 另外，如果员工与分公司之间的劳动关系本身存在争议（如未签订劳动合同、工资支付问题等），且这些争议在分公司注销前未得到解决，员工起诉总公司时可能需要先解决这些基础争议。

三、法律建议与风险提示

1. 对员工的建议：

   • 如果分公司注销后，您认为与总公司之间存在劳动关系争议，建议及时收集相关证据（如劳动合同、工资单、工作证等）以证明劳动关系的存在。
   • 您可以先尝试与总公司协商解决争议，如果协商无果，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼。

2. 对总公司的风险提示：

   • 总公司作为分公司的上级法人单位，在分公司注销后应妥善处理与员工的劳动关系问题，避免引发法律纠纷。
   • 如果分公司注销前未与员工妥善解决劳动关系问题，总公司可能面临被员工起诉的风险，并需承担相应的法律责任。

总结与进一步思考：分公司注销后员工能否直接起诉总公司确认劳动关系取决于多种因素，包括分公司注销前是否与员工妥善解决劳动关系问题、员工是否收集了足够的证据等。如果您面临此类问题，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。同时，作为总公司，也应加强内部管理，确保在分公司注销前妥善处理与员工的劳动关系问题，以降低法律风险。