结论：在分公司上班，分公司注销后，若发生工伤赔偿纠纷，是可以向总公司提起劳动仲裁的，但需要提供充分的证据来证明与总公司之间存在劳动关系。

详细分析：

1. 法律关系分析：

   • 分公司作为总公司的分支机构，虽然具有独立的经营资格，但在法律上并不具备独立的法人地位。这意味着，分公司的民事责任最终由总公司承担。
   • 当分公司注销后，其原有的法律关系（包括劳动关系）通常会被总公司承接。因此，若员工在分公司工作期间发生工伤，且分公司已注销，员工有权向总公司主张工伤赔偿。

2. 证据要求：

   • 为了证明与总公司之间存在劳动关系，员工需要提供一系列证据，如劳动合同、工资单、工作证、考勤记录、社保缴纳记录等。这些证据应能清晰地显示员工与总公司（或分公司，在分公司注销前）之间的劳动关系。
   • 特别是劳动合同，它是证明劳动关系最直接、最有效的证据。如果员工与分公司签订了劳动合同，且合同中明确约定了总公司的相关信息或责任，那么这份合同将成为证明劳动关系的关键证据。
   • 若没有直接的劳动合同，员工可以通过其他间接证据来证明劳动关系，如工作邮件、工作群聊天记录、同事证言等。这些证据应能形成一个完整的证据链，证明员工确实为总公司（或分公司）提供了劳动。

3. 劳动仲裁流程：

   • 在准备好充分的证据后，员工可以向当地的劳动仲裁委员会提起劳动仲裁申请，要求总公司支付工伤赔偿。
   • 劳动仲裁委员会将依法受理申请，并组织双方进行调解或仲裁。如果调解或仲裁成功，双方将签订调解协议或仲裁裁决书，明确总公司的赔偿责任和金额。
   • 如果总公司不履行调解协议或仲裁裁决书，员工可以向人民法院申请强制执行。

4. 可能遇到的挑战及应对：

   • 总公司可能会否认与员工之间的劳动关系，或者对工伤事实提出异议。在这种情况下，员工需要依靠充分的证据来证明自己的主张。
   • 如果证据不足或存在争议，劳动仲裁委员会可能会要求双方提供进一步的证据或进行鉴定。员工应积极配合，提供必要的证据和协助。

建议：

• 在提起劳动仲裁前，员工应尽可能收集并整理好所有与劳动关系和工伤事实相关的证据。
• 如果对证据收集或劳动仲裁流程不熟悉，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。
• 在整个过程中，员工应保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。

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