分公司员工在劳动纠纷中确实可以起诉总公司，但具体起诉对象需根据分公司的具体情况来确定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

一、分公司具有营业执照且具备承担民事责任能力的情况

1. 法律地位：分公司虽不具有独立法人资格，但依法登记并领取营业执照后，可作为用人单位与劳动者订立劳动合同。此时，分公司具有一定的运营自主权和相对独立的财产，能够承担相应民事责任。
2. 起诉对象：在因履行劳动合同发生纠纷时，应以该分公司为被告。这是因为分公司作为合同相对方，直接参与了劳动合同的签订和履行，应当承担相应的法律责任。
3. 总公司责任：然而，若分公司的财产不足以承担全部责任，总公司可能需要承担补充责任。这是因为分公司作为总公司的分支机构，其最终责任仍可能追溯至总公司。

二、分公司无营业执照或无法独立承担民事责任的情况

1. 法律地位：若分公司未依法登记并领取营业执照，则不具备合法用工主体资格。此时，与劳动者签订劳动合同的行为应视为总公司的行为。
2. 起诉对象：在发生劳动纠纷时，应以总公司为被告。无营业执照的分公司因违反相关规定，其签订的劳动合同虽可能无效，但劳动者已付出劳动的，分公司（或实际用人方）仍需向劳动者支付报酬并承担社会保险等义务，而最终责任由总公司承担。

三、特殊情况下的考虑

1. 分公司经营范围外的工作：若分公司签署劳动合同后，职员从事的工作并非其经营范围内的工作，此时责任的承担需根据具体情况分析。但一般而言，总公司仍可能对分公司的行为承担一定责任，因为分公司作为总公司的组成部分，在经济上与总公司是统一核算的。
2. 总公司对分公司的控制程度：当总公司通过人事、财务等核心管理权直接控制分公司运营时，可能被认定为“揭开公司面纱”中的过度支配行为。此时法院可能突破法人独立地位，直接判令总公司承担全部责任。此类情况需结合具体证据判断总公司是否存在滥用权利损害债权人利益的行为。

四、法律建议

1. 在签订劳动合同时：劳动者应谨慎审查对方的资质和信誉，确保与具有合法用工主体资格的用人单位签订劳动合同。若与分公司签订合同，应了解其是否具备独立承担民事责任的能力。
2. 在发生劳动纠纷时：劳动者应根据分公司的具体情况确定起诉对象。若分公司有营业执照且具备承担民事责任的能力，则以其为被告；若分公司无营业执照或无法独立承担民事责任，则应以总公司为被告。
3. 在处理争议过程中：建议劳动者咨询专业律师（即我本人），以获取更准确的法律建议和帮助。律师可以根据具体情况分析案件，为劳动者提供有针对性的法律策略。

综上所述，分公司员工在劳动纠纷中起诉总公司的问题需根据分公司的具体情况来确定起诉对象。劳动者在签订劳动合同时应谨慎审查对方资质，并在发生纠纷时及时咨询专业律师以维护自身权益。