公司以工作未完成为由拖欠工资是不合法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、工资支付与工作完成的法律关系

1. 工资支付义务：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的规定，工资是劳动者付出劳动的报酬。只要劳动者按照劳动合同约定提供了劳动，公司就应当按照约定和时间支付相应工资，不得克扣或者无故拖欠。
2. 工作完成与工资支付：工作完成情况通常不是决定工资支付与否的直接因素。即使工作未完全完成，只要劳动者已经付出了劳动，公司就应当支付相应的工资。当然，如果工作未完成是由于劳动者的过错导致的，并且给公司造成了实际经济损失，公司可以在支付工资后，通过合法途径要求劳动者赔偿损失，但这与拖欠工资是两个不同的法律关系。

二、公司如何处理工作未完成的情况

1. 明确责任：公司应首先明确工作未完成的原因和责任归属。如果是因为劳动者自身的原因导致的，公司可以依据劳动合同或公司规章制度，要求劳动者承担相应的责任，但这并不意味着可以拖欠工资。
2. 合法途径解决：如果工作未完成确实给公司造成了实际经济损失，公司应通过合法途径解决，如与劳动者协商赔偿、通过劳动仲裁或诉讼等方式主张赔偿，而不是直接拖欠工资。

三、劳动者如何应对公司拖欠工资

1. 与公司协商：首先，劳动者可以尝试与公司进行友好协商，明确指出其扣发工资的行为违反法律规定，要求其尽快支付拖欠的工资。
2. 向劳动行政部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地劳动行政部门（如劳动监察大队）投诉，请求其介入调查并责令用人单位支付工资。
3. 申请劳动仲裁：若投诉仍未能解决问题，劳动者可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁。劳动仲裁机构会依法进行裁决，要求用人单位支付拖欠的工资及可能的经济补偿等。如果用人单位不履行裁决，劳动者还可以申请法院强制执行。

四、维权过程中的注意事项

1. 保留好相关证据：劳动者在维权过程中应妥善保存劳动合同、工资条、银行流水、工作交接记录等证据材料，以便证明自己的权益和公司的违约行为。
2. 了解法律法规：劳动者应了解相关法律法规的规定，确保自己的维权行为合法合规，避免陷入不必要的法律纠纷。

总结与建议：公司以工作未完成为由拖欠工资是不合法的行为。劳动者在面对此类情况时，应勇敢站出来维护自己的合法权益，通过合法途径要求公司按时足额支付工资。如果遇到困难或不确定如何操作，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和帮助。