劳动者申请仲裁请求确认两家公司存在混同用工，仲裁机构是会受理的。以下从几个方面为你详细分析：
法律依据与受理原则
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议仲裁委员会负责受理本区域内发生的劳动争议案件。劳动争议的范围广泛，包括因确认劳动关系发生的争议，以及因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护等发生的争议。混同用工，通常指的是两家或多家公司对同一劳动者进行用工管理，存在人员、业务、财务等方面的交叉或混同，导致劳动者难以区分其实际用人单位。这种情况下，劳动者与这些公司之间的劳动关系变得复杂，容易引发劳动争议。因此，劳动者申请仲裁请求确认两家公司存在混同用工，属于劳动争议的范畴，仲裁机构应当受理。
受理后的处理流程
立案审查：仲裁机构在收到劳动者的仲裁申请后，会进行立案审查，确认申请是否符合受理条件。这包括审查申请是否属于劳动争议范围、是否在仲裁时效内、是否提供了必要的证据材料等。
开庭审理：如果申请符合受理条件，仲裁机构会安排开庭审理。在审理过程中，劳动者需要提供证据证明两家公司存在混同用工的情况，如工作记录、工资发放记录、社保缴纳记录、公司之间的关联关系证明等。
裁决：仲裁机构在审理结束后，会根据事实和法律规定作出裁决。如果裁决确认两家公司存在混同用工，那么这两家公司可能需要共同承担对劳动者的法律责任。
劳动者应注意的事项
及时申请仲裁：劳动者在发现两家公司存在混同用工的情况后，应及时向仲裁机构申请仲裁，以免超过仲裁时效。
充分准备证据：劳动者在申请仲裁前，应充分准备证据，以证明两家公司存在混同用工的情况。证据可以包括工作记录、工资单、社保缴纳记录、公司之间的合同或协议、公司公告或通知等。
寻求专业帮助：由于混同用工的情况比较复杂，劳动者在申请仲裁前可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。
可能的法律后果
如果仲裁机构裁决确认两家公司存在混同用工，那么这两家公司可能需要共同承担对劳动者的法律责任，包括支付工资、经济补偿、社会保险等。如果公司不服裁决，还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。
综上所述，劳动者申请仲裁请求确认两家公司存在混同用工，仲裁机构是会受理的。劳动者在申请仲裁前应充分准备证据，并寻求专业帮助，以更好地维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。