公司病假扣工资是否违法，需根据具体情况及法律规定综合判断。以下是对此问题的全面分析：
一、合法扣工资的情况
按公司制度扣除绩效奖金：
- 若公司的规章制度明确规定，病假期间不享受绩效奖金或其他与工作成果挂钩的奖励，且该制度经过民主程序制定并已公示，那么公司有权按照制度扣除这部分奖金。但基本工资部分不得随意扣除，这是法律对劳动者基本权益的保护。
病假工资支付标准符合规定：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条，职工患病或非因工负伤治疗期间，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准，但最低不能低于最低工资标准的80%。若公司支付的病假工资符合这一标准，则不属于违法扣工资。
二、违法扣工资的情况
无故克扣基本工资：
- 如果公司在员工病假期间无故克扣其基本工资，这显然是违法的。基本工资是员工劳动报酬的重要组成部分，受法律保护，公司不得随意扣除。
低于法定标准支付病假工资：
- 如前所述，病假工资或疾病救济费不能低于当地最低工资标准的80%。如果公司支付的病假工资低于这一标准，也构成违法，侵犯了员工的合法权益。
以旷工为由扣除全部工资：
- 如果员工已按规定履行了请假手续，且提供了有效的病假证明，公司却以旷工为由扣除其全部工资，这是不合法的。公司应依据实际情况和法律规定支付病假工资。
三、应对措施与建议
了解公司制度：
- 员工应提前了解公司的病假管理制度和流程，确保自己的请假行为符合规定。同时，也要了解公司关于病假工资支付的具体规定，以便在发生争议时维护自己的权益。
保留证据：
- 在请假过程中，务必保留好相关的证据材料，如医院出具的病假证明、请假申请表等。这些证据在发生争议时将成为维护自己权益的重要依据。
及时沟通：
- 如果公司对员工的病假申请有异议或要求补充材料，员工应及时与公司沟通并提供必要的证明材料。通过沟通，可以尽量避免不必要的争议和纠纷。
法律维权：
- 若公司存在违法扣工资的行为，员工可以通过与公司沟通协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径维护自己的合法权益。在维权过程中，员工应咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。
总结来说，公司病假扣工资是否违法，关键在于扣工资的依据和具体情况。员工应了解自己的权益和义务，在必要时采取合适的措施维护自己的合法权益。同时，公司也应遵守相关法律法规和内部规章制度，确保病假工资的合理支付，避免引发不必要的法律纠纷。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。