将年薪工资扣百分之四十作为绩效工资是否合法，取决于具体情况和法律规定。以下从多个角度进行分析：

1. 劳动合同约定：

   • 如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了绩效考核标准以及相应的绩效工资扣除比例，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位按照合同约定扣除40%的绩效工资在法律上是允许的。但这种情况较为特殊，因为通常劳动合同中不会约定如此高的绩效工资扣除比例，除非有特殊情况或双方有特别约定。

2. 规章制度规定：

   • 用人单位制定的规章制度如果经过民主程序制定并公示告知劳动者，且内容不违反法律法规，其中关于绩效考核和绩效工资扣除的规定可以作为处理依据。然而，规章制度中的扣除比例必须合理，不能随意设定过高的扣除比例。将年薪的40%作为绩效工资扣除，很可能被视为不合理的高比例扣除，从而构成违法。

3. 法律限制：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定对绩效工资的扣除构成了一定的法律限制，即使是因为绩效考核不合格而扣除工资，也不能超过这一比例限制。

4. 合理性判断：

   • 绩效工资的扣除应当基于合理的绩效考核结果，且扣除比例应当与劳动者的实际表现相匹配。如果用人单位随意扣除绩效工资或扣除比例过高，不仅可能违反法律法规，还可能构成对劳动者权益的侵害。将年薪的40%作为绩效工资扣除，显然超出了合理范围，很可能被视为对劳动者权益的侵害。

特殊情况下的合法性考量：

• 如果劳动者存在严重失职、营私舞弊等行为给用人单位造成重大损害，用人单位可以依法解除劳动合同并要求赔偿损失。在此情况下，用人单位可以根据实际情况扣除相应的绩效工资作为赔偿的一部分，但同样需要遵守法律法规的限制，不能随意扣除高达40%的绩效工资。

建议：

• 对于劳动者而言，如果发现用人单位存在不合理扣除绩效工资的情况，应及时与用人单位沟通协商，要求用人单位提供合理的绩效考核标准和扣除依据。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于用人单位而言，应制定合理的绩效考核标准和绩效工资扣除比例，确保符合法律法规的规定和劳动者的实际表现。同时，应加强与劳动者的沟通协商，避免因为绩效工资扣除问题引发劳动争议。

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