结论：逾期协商只还本金后，是否可以开具结清证明，取决于债权人的意愿以及双方协商的具体结果。在协商一致的情况下，债权人可以出具结清证明。
分析说明：
协商一致是前提：
- 在债务逾期的情况下，债务人与债权人可以进行协商，以达成还款方案。如果双方协商一致，债务人只偿还本金，而债权人同意放弃利息和其他费用，那么这种还款方案是有效的。
- 在此基础上，如果债权人愿意出具结清证明，以确认债务人已经按照协商的方案履行了还款义务，那么这是完全可行的。
结清证明的法律意义：
- 结清证明是债权人出具给债务人的书面文件，用于证明债务人已经履行了全部或部分还款义务，且双方之间的债权债务关系已经结清或部分结清。
- 结清证明对于债务人来说具有重要的法律意义，因为它可以作为债务人已经履行还款义务的证据，有助于避免未来的法律纠纷。
实际操作中的注意事项：
- 在协商过程中，债务人应确保与债权人就还款方案达成明确的书面协议，以避免未来出现争议。
- 如果债权人同意出具结清证明，债务人应要求债权人在证明中明确注明还款的具体金额、还款日期以及债权债务关系已经结清等关键信息。
- 债务人应妥善保管结清证明，以备未来需要时使用。
特殊场景：
- 如果债权人拒绝出具结清证明，而债务人已经按照协商的方案履行了还款义务，债务人可以通过法律途径来维护自己的权益。例如，债务人可以向法院提起诉讼，要求债权人确认债权债务关系已经结清，并出具相应的法律文书。
后续行动建议：
- 在与债权人协商还款方案时，债务人应充分了解自己的法律权益和义务，确保协商方案的合法性和有效性。
- 如果可能的话，债务人可以寻求专业律师的帮助，以获取更具体的法律建议和指导。
- 在协商和履行还款义务的过程中，债务人应保持与债权人的良好沟通，及时解决可能出现的问题和争议。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。