结论前置：信用卡逾期协商只还本金后，建议要求银行出具结清证明，这是保护自身权益的重要步骤。以下从不同角度为你详细分析：

从法律凭证的角度

结清证明是证明你已经还清信用卡欠款的关键法律文件。当你与银行协商只还本金并达成一致后，虽然银行可能会在内部系统中更新你的还款状态，但这并不足以作为你已履行还款义务的充分证据。如果后续银行因系统错误、人员变动等原因，再次向你追讨欠款，或者将你的逾期记录上报至征信机构，结清证明就能发挥重要作用。它可以作为你与银行之间债务已经结清的有力凭证，帮助你维护自己的合法权益，避免不必要的法律纠纷和经济损失。

从信用修复的角度

信用卡逾期会对个人信用记录产生负面影响，影响你未来的贷款、信用卡申请等金融活动。在你还清本金后，及时获取结清证明并提交给征信机构，有助于加快信用修复的进程。征信机构会根据银行提供的信息更新你的信用记录，而结清证明可以作为你主动修复信用的有力支持，让征信机构更准确地了解你的还款情况，从而对你的信用状况进行更合理的评估。

从实际操作的角度

在现实生活中，有些银行在客户还清欠款后可能不会主动提供结清证明。因此，你需要主动向银行提出要求。在与银行沟通时，要注意保留好相关的沟通记录，如聊天记录、通话录音等，以备不时之需。如果银行拒绝提供结清证明，你可以向银行的上级部门或者相关监管机构进行投诉，维护自己的合法权益。

举例说明：假设你之前因为一些特殊原因导致信用卡逾期，经过与银行协商，银行同意你只还本金。在你还清本金后，没有要求银行出具结清证明。过了一段时间，你打算申请房贷，银行在审核你的信用记录时，发现你之前有信用卡逾期记录，虽然你已经还清了本金，但由于没有结清证明，银行无法确定你是否真的已经结清债务，可能会对你的房贷申请产生不利影响。相反，如果你有结清证明，就可以顺利地向银行证明你的还款情况，提高房贷申请的成功率。

建议：在信用卡逾期协商只还本金后，一定要及时向银行要求出具结清证明，并妥善保管。如果在这个过程中遇到任何问题，都可以随时向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。