结论：对方证人因脑萎缩导致证言前后不一，事后提交医院检查证明其脑部情况，该证明能否作为证据取决于多个因素，包括证明的合法性、关联性、真实性以及证明力的大小等。以下从不同角度进行分析：
证据的合法性：
- 医院出具的检查证明，若符合法定形式要件，如由具有相应资质的医疗机构出具，有医生的签名或盖章，且加盖了医疗机构的公章，则该证明在形式上具备合法性。
- 若该证明是通过非法手段获取，如伪造、篡改等，则不具备合法性，不能作为证据使用。
证据的关联性：
- 检查证明需要与案件事实具有关联性，即能够证明证人因脑萎缩导致证言前后不一的情况。
- 如果检查证明仅显示证人脑部存在萎缩，但无法直接关联到证言的不一致性，则其关联性可能受到质疑。
证据的真实性：
- 法院会对检查证明的真实性进行审查，包括检查的时间、地点、方法、结果等是否真实可靠。
- 如果对方对检查证明的真实性提出异议，法院可能会要求出具证明的医疗机构或医生出庭作证，或者委托其他机构进行重新鉴定。
证明力的大小：
- 即使检查证明具备合法性、关联性和真实性，其证明力的大小也取决于多种因素，如脑萎缩的程度、对证人认知能力的影响等。
- 法院会结合其他证据，如证人的其他证言、其他证人的证言、物证等，综合判断检查证明的证明力。
法律建议：
- 如果您认为对方证人的检查证明存在问题，可以在庭审中提出异议，并要求法院对证明的合法性、关联性、真实性和证明力进行审查。
- 您可以积极收集其他证据，以支持您的观点，如寻找其他证人、收集物证等。
- 如果您对法律程序或证据规则不熟悉，建议咨询专业律师，以便更好地维护您的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果法院认为检查证明具备合法性、关联性、真实性和足够的证明力，可能会将其作为认定案件事实的依据。
- 如果法院认为检查证明存在问题，可能会排除其作为证据使用，或者降低其证明力。
在处理此类问题时，务必保持谨慎和客观，确保您的权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。