结论：公司发给员工配合调查的函件是否需要邮寄，取决于公司的具体规定、函件的性质以及员工与公司的沟通方式等多种因素，没有绝对的“必须邮寄”或“不能邮寄”的规定。以下从不同角度进行分析：
一、函件性质与邮寄必要性
正式性要求：
- 如果函件内容正式，涉及公司重要事务或法律程序，如要求员工就某一事件提供书面说明、配合内部调查等，且公司有明确的规章制度要求此类函件必须通过邮寄方式送达，那么邮寄可能是必要的。邮寄可以确保函件的正式性和可追溯性，为后续可能出现的法律纠纷提供证据。
紧急性与效率：
- 如果情况紧急，需要员工迅速响应，且邮寄方式可能延误时间，那么公司可能会选择其他更快捷的沟通方式，如电子邮件、内部通讯工具或直接电话通知。在这种情况下，邮寄可能不是最佳选择。
二、公司规定与员工沟通方式
公司规章制度：
- 公司应在其规章制度中明确规定函件的送达方式。如果规章制度中规定了必须邮寄，则公司应遵守这一规定。如果规章制度未明确规定，公司则可以根据实际情况选择合适的送达方式。
员工沟通习惯：
- 考虑到员工可能更习惯于接收电子邮件或内部通讯工具的通知，公司也可以根据员工的沟通习惯来选择送达方式。然而，无论选择哪种方式，都应确保员工能够及时、准确地收到函件内容。
三、法律后果与风险防范
法律后果：
- 如果公司未按照规章制度或法律规定的方式送达函件，且因此导致员工未能及时响应或造成其他损失，公司可能需要承担相应的法律责任。例如，如果函件涉及员工违纪处理，而公司未按照规定方式送达，员工可能因此主张处理程序违法。
风险防范：
- 为防范法律风险，公司应尽可能选择正式、可追溯的送达方式，如邮寄或电子邮件（并保留发送记录）。同时，在函件中应明确说明员工需要配合的事项、时间节点以及可能产生的后果，以确保员工对函件内容有充分的理解。
四、实际操作建议
明确送达方式：
- 在公司规章制度中明确规定函件的送达方式，包括邮寄、电子邮件、内部通讯工具等，并说明各种方式的适用场景和条件。
保留送达证据：
- 无论选择哪种送达方式，都应保留相应的证据，如邮寄凭证、电子邮件发送记录等，以备后续可能出现的法律纠纷之需。
确保员工收到：
- 在发送函件后，应通过适当方式确认员工是否已收到并理解函件内容。例如，可以要求员工回复确认邮件或签署回执等。
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