结论：按应出勤天数计算工资是否合法，需结合劳动合同约定、是否符合法律法规以及工作性质等多个因素来综合判断。在合法且双方有明确约定的前提下，该做法可以是合法的；但若损害劳动者权益或违反法律规定，则不合法。
合法的情况
符合法律规定和约定：
- 若用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了工资按照应出勤天数来计算，并且这一约定不违反国家法律法规的强制性规定，那么从契约精神出发，这种做法是合法的。例如，合同中明确规定“工资计算方式为基本工资除以应出勤天数，再乘以实际出勤天数”。
- 对于非全日制用工形式，根据法律规定，其小时计酬标准不得低于当地人民政府规定的最低小时工资标准，且劳动报酬结算支付周期最长不得超过十五日。这类用工通常依据实际出勤情况（如小时数）计算工资，这也符合法律规定。
与工作性质匹配：
- 对于某些临时性、季节性或项目性工作，按应出勤天数计算工资能更准确地反映劳动者的实际劳动付出。例如，建筑行业中的短期项目临时工，由于工程可能受天气等因素影响而间歇性施工，因此按应出勤天数计发工资能更合理地体现其实际工作贡献。
不合法的情况
损害劳动者权益：
- 如果用人单位未经与劳动者协商，单方面随意采用按应出勤天数计算工资的方式，导致劳动者收入大幅减少或低于当地最低工资标准，这种做法是不合法的。它违反了劳动合同的公平原则，也损害了劳动者的合法权益。
- 用人单位不能通过随意增加正常工作时间内的应出勤天数来减少劳动者的休息时间，同时仍按原应出勤天数计发工资。这种做法实际上降低了劳动者的单位时间工资水平，同样属于不合法行为。
未依法计算加班工资：
- 如果劳动者存在加班情况，但在按应出勤天数计算工资时，用人单位未按照法律规定对加班部分支付相应的加班工资，这种计算方式也是不合法的。它违反了劳动法中关于加班工资支付的相关规定。具体来说，节假日加班必须按照三倍工资支付，公休日按照200%支付，平时加班按照150%支付。
未考虑带薪假期：
- 员工依法享有的带薪年假、病假（在规定医疗期内）、婚假、产假、陪产假等带薪假期，用人单位应视为正常出勤并支付工资。如果按应出勤天数计算工资时未考虑这些带薪假期，导致劳动者工资减少，这种做法也是不合法的。
法律建议
- 明确约定：用人单位在与劳动者签订劳动合同时，应明确约定工资的计算方式，包括是否按应出勤天数计算、如何计算加班工资等，以避免后续纠纷。
- 遵守法律法规：用人单位在计算工资时，应严格遵守国家法律法规的规定，确保劳动者的合法权益不受侵害。
- 及时沟通：如果用人单位需要调整工资计算方式，应与劳动者进行及时沟通并协商一致，避免单方面随意变更导致纠纷。
示例说明：假设某劳动者与用人单位在劳动合同中明确约定了工资按应出勤天数计算，且该约定不违反法律法规。在某个月份，该劳动者实际出勤天数为20天，应出勤天数为22天，基本工资为5000元。那么，该劳动者的当月工资应为：\(5000 \div 22 \times 20 \approx 4545.45\)（元）。这种计算方式在合法且双方有明确约定的前提下是合法的。
总之，按应出勤天数计算工资是否合法，需综合考虑多个因素。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。