结论：收入在总公司而成本在分公司，这种财务安排本身并不直接违法，但需确保符合相关法律法规和会计准则的要求，同时避免税务风险和内部管理问题。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律合规性角度
公司法规定：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，公司有权自主决定其内部财务管理和利润分配方式，只要这种安排不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害公司、股东或债权人的利益，就是合法的。
- 因此，从公司法角度来看，收入在总公司而成本在分公司的安排，并不直接违反法律规定。
会计准则要求：
- 会计准则要求企业真实、准确地反映其财务状况和经营成果。如果收入在总公司而成本在分公司，需要确保这种安排能够真实反映公司的经济实质，且符合会计准则的确认和计量原则。
- 例如，如果分公司是独立核算的，那么其成本和收入应当分别在其财务报表中反映，并通过内部往来科目与总公司进行结算。如果分公司不是独立核算的，那么其成本可能需要在总公司进行归集和分配。
二、税务风险角度
税务合规性：
- 税务机关关注的是企业是否真实、准确地申报了其应纳税所得额。如果收入在总公司而成本在分公司，需要确保这种安排不会导致税务上的不公平或逃避税收义务。
- 例如，如果分公司承担了大量成本但收入较少，而总公司则相反，这种安排可能引发税务机关的关注，要求企业提供合理的解释和证明。
税务筹划与避税：
- 虽然合理的税务筹划是合法的，但利用收入在总公司而成本在分公司的安排进行避税则可能违法。税务机关有权对企业的税务筹划进行审查和调整，如果发现企业存在避税行为，可能会要求企业补缴税款并加收滞纳金或罚款。
三、内部管理角度
财务管理：
- 收入在总公司而成本在分公司的安排，需要企业建立完善的财务管理制度，确保内部往来科目的准确核算和及时结算。否则，可能导致公司财务状况的混乱和内部矛盾的产生。
绩效考核：
- 如果分公司承担了大量成本但收入较少，而总公司则相反，这种安排可能影响分公司的绩效考核和激励机制。因此，企业需要建立合理的绩效考核体系，确保各分支机构的利益与公司整体利益相一致。
四、建议与措施
完善财务管理制度：
- 企业应建立完善的财务管理制度，明确收入和成本的核算原则和方法，确保内部往来科目的准确核算和及时结算。
加强税务合规性审查：
- 企业应定期进行税务合规性审查，确保税务申报的准确性和合法性。如果发现存在税务风险或问题，应及时进行整改和调整。
建立合理的绩效考核体系：
- 企业应建立合理的绩效考核体系，将各分支机构的利益与公司整体利益相结合，激励各分支机构积极为公司创造价值。
咨询专业意见：
- 如果企业对收入在总公司而成本在分公司的安排存在疑问或担忧，建议咨询专业律师或会计师的意见，以确保这种安排的合法性和合规性。
最后，收入在总公司而成本在分公司的安排本身并不直接违法，但需确保符合相关法律法规和会计准则的要求，同时避免税务风险和内部管理问题。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。