在刑事案件中，指定管辖确实可以适用于二审程序。以下是对这一问题的详细分析：
一、指定管辖的基本概念
指定管辖，是指上级人民法院依照法律规定，指定其辖区内的下级人民法院对某一具体案件行使管辖权。这通常发生在原本有管辖权的法院由于特殊原因（如回避、案件复杂程度等）无法或不宜行使管辖权时。
二、指定管辖在二审中的适用
法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，上级人民法院在必要时，可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判。这一规定并未将二审程序排除在外，因此，在二审程序中，上级人民法院同样可以根据需要指定管辖。
实践应用：
- 在二审程序中，如果原审法院因某种原因（如回避、案件涉及本院工作人员等）无法继续审理，或者上级人民法院认为原审法院审理可能影响公正审判的，上级人民法院可以指定其他同级人民法院或者下级人民法院审理。这种指定管辖的适用，确保了二审程序的公正性和有效性。
具体情形：
- 例如，在某起刑事案件中，原审法院因涉及本院工作人员而需要回避，此时上级人民法院可以指定其他同级人民法院或者下级人民法院作为二审法院进行审理。这种指定管辖的适用，避免了原审法院可能存在的偏见或利益冲突，保障了被告人的合法权益。
三、指定管辖在二审中的注意事项
程序合法性：
- 指定管辖必须遵循法定程序，确保指定决定的合法性和有效性。上级人民法院在作出指定管辖决定时，应当充分考虑案件的性质、情节、影响等因素，确保指定管辖的合理性和必要性。
当事人权益保障：
- 在指定管辖过程中，应当充分保障当事人的合法权益。例如，应当及时通知当事人指定管辖的决定，并告知其有权提出异议或申请复议。同时，在指定管辖后，新的审理法院应当依法重新审理案件，确保当事人的诉讼权利得到充分行使。
审判效率与公正：
- 指定管辖应当兼顾审判效率与公正。上级人民法院在指定管辖时，应当考虑新审理法院的审判能力和案件负荷情况，确保案件能够得到及时、公正的审理。同时，新审理法院也应当积极履行职责，确保案件审理的质量和效率。
四、结论与建议
综上所述，指定管辖在刑事案件的二审程序中是适用的。当原审法院因某种原因无法继续审理或上级人民法院认为原审法院审理可能影响公正审判时，上级人民法院可以指定其他同级人民法院或者下级人民法院作为二审法院进行审理。这一制度的设计旨在保障刑事案件的公正、高效审理，维护当事人的合法权益。
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