在刑事案件中，对于指定管辖的案件，通常不能直接由犯罪嫌疑人或被告人提出异议。以下是对这一问题的详细分析：

一、结论前置

在刑事案件中，指定管辖是由上级司法机关根据案件情况作出的决定，通常不由当事人直接提出异议。但当事人可以通过合法途径表达对案件管辖的关切，并寻求法律帮助。

二、法律依据与原则

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，刑事案件的管辖由公安机关、人民检察院和人民法院依法确定。指定管辖是上级司法机关在特定情况下，为确保案件公正、高效处理而作出的特别安排。

三、提出异议的主体与程序

1. 提出主体：

   • 在刑事诉讼中，对审判管辖的异议主要由检察院提出。检察院作为法律监督机关，有权在认为法院的审判管辖存在错误时，向受理案件的法院或其上级法院提出异议。
   • 犯罪嫌疑人、被告人通常不能直接提出管辖权异议，但可以通过辩护律师或其他合法途径表达对案件管辖的关切。

2. 处理程序：

   • 当检察院提出管辖异议时，法院会对异议进行审查，并根据审查结果作出相应处理。
   • 对于犯罪嫌疑人、被告人及其辩护律师提出的关于管辖的关切，司法机关也会依法进行审查和处理，确保案件管辖的合法性和合理性。

四、特殊情况下的处理

如果当事人认为指定管辖存在严重问题，可能影响案件的公正审理，可以通过辩护律师向司法机关反映相关情况，并提供充分的证据材料支持其观点。司法机关在收到反映后，会依法进行审查，并作出相应处理。

五、建议与指导

1. 及时咨询：如果对刑事案件的管辖问题有疑问或担忧，建议及时咨询专业的法律人士或律师，以获取更详细的法律建议和帮助。
2. 了解程序：了解刑事诉讼程序的相关规定，以便在必要时采取合适的行动来维护自己的合法权益。
3. 尊重决定：尊重司法机关的指定管辖决定，并积极配合相关部门的调查和处理工作。

综上所述，在刑事案件中，对于指定管辖的案件，当事人通常不能直接提出异议，但可以通过合法途径表达对案件管辖的关切，并寻求法律帮助。