针对您提出的问题，即“被告申请二次鉴定启动中，原告发现被告委托事项违规该怎么处理”，以下是我为您提供的详细解答：

首先，您需要明确被告在委托司法鉴定时是否存在违规行为。根据《司法鉴定执业活动投诉处理办法》以及相关地方性法规，如《北京市司法鉴定管理条例》等，司法鉴定机构或司法鉴定人在执业活动中的违规行为包括但不限于：超出登记的业务范围或执业类别从事司法鉴定活动、组织未取得《司法鉴定人执业证》的人员违规从事司法鉴定业务、违反司法鉴定程序规则从事司法鉴定活动等。

若您发现被告确实存在上述违规行为，您可以采取以下步骤进行处理：

1. 收集证据：

   • 仔细审查被告提交的司法鉴定委托书、鉴定意见书等相关材料，确认是否存在违规行为。
   • 如有必要，您可以咨询专业律师或司法鉴定专家，以获取更准确的判断。

2. 向司法行政机关投诉：

   • 根据《司法鉴定执业活动投诉处理办法》的规定，您有权向司法鉴定机构住所地或司法鉴定人执业机构住所地的县级以上司法行政机关投诉。
   • 投诉时，您需要提交书面投诉材料，包括被投诉人的姓名或名称、投诉事项、投诉请求、相关的事实和理由以及您的联系方式。
   • 同时，您需要提供投诉人身份证明、司法鉴定委托书或司法鉴定意见书等与投诉事项相关的证明材料。

3. 等待投诉处理结果：

   • 司法行政机关在收到您的投诉后，会依法进行调查处理，并给出答复。
   • 在此期间，您需要保持联系方式畅通，以便及时接收处理结果。

4. 考虑法律途径：

   • 如果投诉处理结果未能满足您的诉求，或者您认为被告的违规行为已经对您的合法权益造成了损害，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
   • 这可能包括向法院提起诉讼、申请重新鉴定等。

此外，我还想提醒您，在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，避免采取过激行为。同时，建议您在处理过程中咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保障。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。