结论：申请破产时正在履约项目的保证金能否退还，需根据具体情况判断，包括破产企业的财产状况、保证金的性质、合同约定以及相关法律规定等因素。以下从不同角度进行详细分析：
一、保证金性质与合同约定
保证金性质：
- 如果保证金是作为合同履行的担保，且合同中明确约定了在特定条件下（如合同正常履行完毕）保证金应退还，那么在破产情况下，若合同未因破产而解除或终止，且保证金未用于抵偿债务，理论上保证金应退还。
- 如果保证金已转化为破产企业的财产，或者合同中未明确约定保证金的退还条件，那么保证金的退还可能受到破产程序的影响。
合同约定：
- 审查合同中关于保证金的条款，特别是关于保证金退还的条件、时间和方式等。如果合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应按照合同约定执行。
二、破产程序的影响
破产财产的分配：
- 在破产程序中，破产企业的财产将用于清偿债务。如果保证金已作为破产财产的一部分，那么其退还将受到破产财产分配顺序和比例的限制。
- 根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：（一）破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；（二）破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；（三）普通破产债权。保证金若属于普通破产债权，其退还可能受到较大限制。
破产管理人的决定：
- 破产管理人负责破产财产的管理和分配。在破产程序中，破产管理人可能根据破产企业的实际情况和法律规定，对保证金的退还作出决定。如果破产管理人认为保证金应退还，且符合破产财产分配的条件，那么保证金可以退还；否则，可能无法退还。
三、法律救济途径
向破产管理人申报债权：
- 如果认为保证金应退还，且符合破产债权的申报条件，可以向破产管理人申报债权，要求退还保证金。破产管理人将根据破产财产的分配情况，对申报的债权进行审查和确认。
参与破产程序：
- 作为债权人，可以积极参与破产程序，了解破产企业的财产状况、债务清偿情况等，以便及时维护自己的合法权益。
寻求法律援助：
- 如果在破产程序中遇到复杂问题或争议，可以寻求专业律师的法律援助，以便更好地维护自己的权益。
四、特殊情况考虑
- 如果保证金与特定项目或合同紧密相关，且该项目或合同因破产而无法继续履行：在这种情况下，保证金的退还可能受到更大影响。因为保证金可能被视为对项目或合同履行的担保，如果项目或合同无法继续履行，保证金可能被用于抵偿因违约而产生的损失。
- 如果破产企业存在欺诈、恶意转移财产等违法行为：在这种情况下，可以向法院申请撤销相关行为，并要求退还保证金。但这需要提供充分的证据证明破产企业存在违法行为。
建议：在申请破产时，如果涉及正在履约项目的保证金退还问题，建议及时与破产管理人沟通，了解破产企业的财产状况和债务清偿情况，并根据合同约定和法律规定，积极维护自己的合法权益。如有需要，可以寻求专业律师的法律援助。