老板在面对工人自己申请工伤并做了劳动能力鉴定的情况时，可以按照以下步骤处理：

1. 确认鉴定结果与程序合法性
   首先，老板需要确认劳动能力鉴定结果是否已通过合法程序出具。根据《工伤保险条例》第二十六条，劳动能力鉴定需由市级劳动能力鉴定委员会作出，且需用人单位或工伤职工本人提出申请。若鉴定程序合法，结果具有法律效力，老板应予以尊重；若对鉴定结论有异议（如认为伤情与等级不符），可在收到鉴定结论之日起15日内向省级劳动能力鉴定委员会申请再次鉴定，这是法律赋予的救济权利。

2. 核算工伤保险待遇支付义务
   根据鉴定结果，老板需配合工伤保险基金支付相应待遇：

• 工伤保险基金支付部分：包括一次性伤残补助金、1-4级伤残的伤残津贴、一次性工伤医疗补助金（离职时支付）、医疗费、康复费等。老板需协助工人向社保部门申报材料（如鉴定结论、医疗记录等），确保基金及时拨付。
  
• 用人单位支付部分：若未缴纳工伤保险，所有待遇由老板承担；若已缴纳，老板需支付停工留薪期工资（原工资福利不变）、5-6级伤残的伤残津贴（难以安排工作时）、5-10级伤残的一次性伤残就业补助金（离职时支付）。
  关键点：老板不得以“工人自行申请”为由拒绝支付法定待遇，否则可能面临劳动监察处罚或工伤职工的仲裁/诉讼索赔。

1. 协商或处理离职相关事宜
   若工人因伤残提出离职，老板需：
   

• 结清工资、经济补偿（如适用）及一次性伤残就业补助金；
  
• 协助办理工伤待遇申领手续（如提供离职证明、社保减员等）；
  
• 避免以“未提前通知”等理由扣减待遇，否则可能引发纠纷。
  建议：可与工人协商分期支付或补充协议，但需确保不违反《工伤保险条例》的强制性规定。

1. 预防后续风险
   

• 完善用工管理：检查是否已签订劳动合同、缴纳工伤保险，避免未来类似风险；
  
• 保留证据：保存鉴定结论、待遇支付凭证等文件，以备争议时使用；
  
• 沟通协调：主动与工人沟通，解释待遇支付流程，减少误解。

总结：老板的核心义务是配合鉴定结果支付法定待遇，同时可通过合法途径救济异议。若对具体操作（如待遇计算、程序细节）有疑问，可直接向我咨询，我会结合您所在地区的政策进一步分析。