员工因自身疾病不能工作，公司需要承担的责任主要取决于疾病的性质、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定，具体分析如下：

1. 医疗期内的责任：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，企业应根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予一定的医疗期。在医疗期内，企业不得解除劳动合同，且应按照规定支付病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
   • 例子：假设员工在公司工作了5年，根据规定，他可能享有3个月的医疗期。在这3个月内，公司需要支付他病假工资，且不得解除劳动合同。

2. 医疗期满后的责任：

   • 医疗期满后，如果员工仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，企业可以提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。但在此情况下，企业需要按照员工在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付经济补偿。
   • 例子：继续上述例子，如果医疗期满后员工仍无法工作，且公司无法为其安排其他合适的工作，公司可以解除劳动合同，但需要支付员工5个月工资作为经济补偿（假设员工在公司工作了5年）。

3. 特殊疾病或情况的考虑：

   • 如果员工患的是特殊疾病（如癌症、精神病、瘫痪等），在24个月内尚不能痊愈的，经企业和劳动主管部门批准，可以适当延长医疗期。
   • 另外，如果员工的疾病是由于工作原因造成的（即工伤），则适用工伤保险的相关规定，企业需要承担相应的工伤保险责任，包括支付医疗费用、停工留薪期工资、一次性伤残补助金等。

4. 公司未履行责任的后果：

   • 如果公司未按照上述规定履行责任，如未支付病假工资、未给予医疗期、未支付经济补偿等，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司承担相应的法律责任。

建议：

• 对于公司而言，应严格遵守相关法律法规的规定，确保员工的合法权益得到保障。在员工因疾病不能工作时，应及时与员工沟通，了解其病情和治疗情况，合理安排医疗期和病假工资等事宜。
• 对于员工而言，应了解自己的权益和义务，及时与公司沟通病情和治疗情况，保留好相关证据（如医疗证明、病假条等），以便在必要时维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。