综合工时制若未经过劳动行政部门批准，企业将面临一系列不利的法律后果，主要包括以下几点：

1. 综合工时制无效，需按标准工时制处理：

   • 根据相关法律法规，企业实行综合计算工时工作制，必须向劳动保障行政部门提出申请，获得批准后方可实施。若未经批准，企业擅自实行综合工时制，该制度将被视为无效，企业需按照标准工时制（即每日工作不超过8小时，每周工作不超过40小时）来处理员工的工时和加班问题。

2. 需支付加班费及可能面临行政处罚：

   • 在未获批准的情况下实行综合工时制，企业若安排员工加班，需按照标准工时制的加班费标准支付加班费。即工作日加班支付不低于工资的150%的工资报酬，休息日加班又不能安排补休的支付不低于工资的200%的工资报酬，法定休假日加班支付不低于工资的300%的工资报酬。
   • 此外，企业还可能因违反劳动保障法律法规而面临劳动保障行政部门的行政处罚，如警告、罚款等。

3. 员工有权拒绝超时工作并可投诉举报：

   • 员工有权拒绝企业未经批准擅自安排的综合工时制下的超时工作。若企业强迫或变相强迫员工超时工作，员工可以向当地劳动保障行政部门投诉举报，维护自己的合法权益。

4. 可能影响企业信誉和劳动关系和谐：

   • 未经批准擅自实行综合工时制，不仅可能引发劳动纠纷，还可能影响企业的信誉和形象。在劳动关系日益紧张的今天，企业应严格遵守劳动保障法律法规，维护员工的合法权益，以构建和谐的劳动关系。

法律建议：

• 企业若打算实行综合计算工时工作制，应提前向当地劳动保障行政部门提出申请，并按照规定提交相关材料，获得批准后方可实施。
• 在实行综合工时制的过程中，企业应严格按照批准的工作时间和休息休假安排来执行，确保员工的合法权益不受侵害。
• 若企业已擅自实行了未经批准的综合工时制，应尽快向劳动保障行政部门补办申请手续，并妥善处理员工的工时和加班问题，以避免不必要的法律纠纷。

示例说明： 假设某企业未经批准擅自实行了综合工时制，并安排员工在休息日加班且未支付加班费。员工有权向当地劳动保障行政部门投诉举报，要求企业支付加班费并可能面临行政处罚。同时，该企业还可能因违反劳动保障法律法规而影响其信誉和形象，进而影响其与员工的劳动关系和谐。

如有任何关于劳动工伤或婚姻家庭方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。