关于“厂里收手机是否合法”的问题，这主要取决于工厂收集手机的具体目的、方式以及是否侵犯了员工的合法权益。

首先，我们需要明确的是，工厂在未经员工明确同意的情况下，私自收集、利用或监控员工手机中的通话数据、短信内容等个人信息，是违法的。这侵犯了员工的隐私权，根据相关法律法规，除法律另有规定或者权利人明确同意外，任何组织和个人都不得实施窃听他人私密活动、处理他人私密信息等行为。

以您提供的案例为例，工厂在未经员工小李同意的情况下，擅自恢复其工作手机的通话数据，并以此作为证据来指控小李存在“飞单”行为。法院在审理此案时认为，工厂虽然享有工作手机的所有权，但并未证明已告知小李会对运用该手机的通话予以录音并恢复数据，或已就恢复其通话信息取得小李的明确同意。因此，该证据的合法性法院不予认可，最终支持了小李的诉讼请求。

那么，工厂在什么情况下可以合法地收集或管理员工手机呢？一般来说，如果工厂是为了保障工作安全、提高工作效率或进行必要的管理监督，且事先明确告知了员工并取得了员工的同意，同时确保收集的信息仅用于合法、合理的目的，并且采取了必要的安全措施来保护这些信息不被泄露或滥用，那么这样的收集或管理行为可能是合法的。

然而，在实际操作中，工厂很难做到完全合法且合理地收集和管理员工手机。因此，更常见的做法是，工厂为员工配备专门的工作手机，并明确告知员工该手机的使用范围和限制，以及工厂对手机数据的管理政策。这样既可以满足工厂的管理需求，又可以保护员工的隐私权。

综上所述，厂里收手机是否合法取决于具体的情况和目的。如果工厂未经员工同意私自收集、利用或监控员工手机中的个人信息，那么这样的行为是违法的。如果工厂有合法、合理的管理需求，并事先明确告知了员工并取得了员工的同意，同时采取了必要的安全措施来保护这些信息，那么这样的收集或管理行为可能是合法的。但无论如何，工厂都应该尊重员工的隐私权，避免滥用管理监督权。