结论：公司部门合并时，员工一般无权直接拒绝，但需根据具体情况分析员工的权益及公司的义务。以下从不同角度进行详细分析：
一、公司部门合并的法律性质
公司部门合并属于公司内部组织结构的调整，是公司自主经营权的体现。根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，公司有权根据自身经营需要，对内部组织结构进行合理调整，包括部门的设立、撤销、合并等。这种调整通常不需要经过员工的同意，但应当遵循合法、公平、合理的原则，并确保员工的合法权益不受侵害。
二、员工拒绝部门合并的法律依据与限制
劳动合同的变更：
- 部门合并可能导致员工的工作岗位、工作内容或工作地点发生变化，这实际上构成了劳动合同的变更。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，劳动合同的变更应当经双方协商一致，并采用书面形式。因此，如果部门合并导致劳动合同内容发生实质性变更，公司应当与员工进行协商，并达成一致意见。
- 但需注意：如果部门合并并未导致劳动合同内容的实质性变更，或者变更内容属于公司合理经营需要的范畴，且公司已经采取了合理措施（如提供培训、调整工作岗位等）来减轻对员工的影响，那么员工可能无权直接拒绝。
员工拒绝权的限制：
- 员工在劳动合同变更中的拒绝权并非绝对。如果公司能够证明部门合并是出于经营需要，且变更内容合理、合法，且已经采取了必要措施来保障员工的权益，那么员工可能无法仅凭个人意愿拒绝变更。
- 如果员工无正当理由拒绝劳动合同的变更，且该变更并不违反法律法规的强制性规定，公司有权根据内部规章制度或劳动合同的约定，采取相应的管理措施，包括解除劳动合同（但需遵循法定程序和条件）。
三、员工在部门合并中的权益保障
知情权：
- 公司应当提前告知员工部门合并的相关信息，包括合并的原因、目的、时间、对员工的影响等，以便员工做出合理的判断和准备。
协商权：
- 如前所述，如果部门合并导致劳动合同内容发生实质性变更，公司应当与员工进行协商，并达成一致意见。员工有权就变更内容提出自己的意见和要求，公司应当予以充分考虑。
补偿权：
- 如果部门合并导致员工的工作岗位、工作内容或工作地点发生不利变化，且公司无法提供合理的解决方案或补偿措施，员工有权要求公司给予相应的经济补偿或调整工作岗位等。
四、实际操作建议
对于公司：
- 在进行部门合并前，应当充分评估对员工的影响，并制定合理的调整方案。
- 与员工进行充分沟通，解释合并的原因、目的和对员工的影响，听取员工的意见和要求。
- 如果需要变更劳动合同内容，应当与员工进行协商，并达成一致意见后签订书面协议。
对于员工：
- 了解部门合并的相关信息，评估对自己工作的影响。
- 如果认为合并导致自己的权益受到侵害，可以与公司进行协商，要求公司给予合理的解决方案或补偿措施。
- 如果协商无果，可以依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，维护自己的合法权益。
总结来说，公司部门合并时，员工一般无权直接拒绝，但公司应当遵循合法、公平、合理的原则，保障员工的合法权益。如果部门合并导致劳动合同内容发生实质性变更，公司应当与员工进行协商，并达成一致意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。