在总价包干合同中，未做部分是否可以扣除，主要取决于合同中的具体约定以及项目的实际情况。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同有明确约定时：

   • 按约定扣除：如果合同中明确规定了未完成项目的扣款方式及计算依据，例如按未做项目在投标报价中的占比扣减，或者合同中写明“未实际施工的项目，结算时按预算金额扣除”，那么应严格按照合同约定执行，从合同总价中扣除相应款项。
   • 不扣减情况：若合同中有特别约定，如只要完成主要目的和关键工作，附属、次要项目未做不影响整体工程交付使用可不扣减，那么在这种情况下，未做部分则不需要从总价中扣除。

2. 合同无明确约定时：

   • 承包商原因导致未做：若因承包商自身原因（如施工组织不力、资金短缺等）导致项目未完成，业主有权要求从总价中扣除未做项目的合理价款。这通常包括成本加上合理利润，具体数额可能需要根据市场行情、项目实际情况等因素进行协商确定。
   • 非承包商原因导致未做：
     • 业主原因：如业主提出设计变更或提供资料不及时导致项目未做，承包商有权要求业主补偿因变更造成的损失，而非简单扣减费用。这种情况下，双方应协商确定补偿金额，可能包括因变更导致的额外成本、工期延误的损失等。
     • 不可抗力：因不可抗力（如自然灾害、政策变化等）导致部分项目无法完成，双方应公平合理地分担损失。通常不会直接从总价中扣除未做项目费用，而是协商解决，如延长工期、调整工作内容等。

3. 项目性质及关联性的考虑：

   • 独立可分项目：如果未做的项目是独立的、与其他项目关联性不强且价值清晰可算，那么通常应当从合同总价中扣除该项目价款。
   • 与整体项目关联紧密：若未做的项目与整体项目关联性紧密，难以单独区分其价值，并且扣除可能会影响项目的完整性或功能性，则需要综合考虑多种因素。这种情况下，可能需要专业评估或协商、诉讼等方式来解决争议。

实际操作建议：

• 在签订合同时，双方应明确约定未做项目的处理方式，包括扣款方式、计算依据等，以避免后续纠纷。
• 在合同履行过程中，双方应保持充分沟通，及时协商解决出现的问题。如果遇到复杂情况或争议较大，建议及时向我咨询，以确保合法权益得到妥善保护。

总之，总价包干合同中未做部分是否可以扣除，需要根据合同约定、项目实际情况以及双方协商结果来确定。在处理此类问题时，应注重法律分析、沟通协调，并寻求专业法律帮助以维护自身合法权益。