在事实劳动关系被认定后，为了妥善处理并保障双方的合法权益，我们需要遵循一系列法律原则和操作步骤。以下是我为您详细梳理的处理流程：
一、补签书面劳动合同
及时补签：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，建立劳动关系应当订立书面劳动合同。因此，一旦事实劳动关系被认定，用人单位应立即与劳动者补签书面劳动合同，以明确双方的权利和义务，避免后续可能出现的纠纷。
合同内容明确：劳动合同中应详细约定劳动合同的期限、工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬等关键条款。对于固定期限合同、无固定期限合同或以完成一定工作任务为期限的合同，应根据双方意愿和实际情况进行选择。
二、支付相关费用与补偿
双倍工资：如果用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者签订劳动合同，那么根据法律规定，用人单位需要向劳动者每月支付二倍的工资，作为未签订劳动合同的补偿。
经济补偿金：若因用人单位的原因导致事实劳动关系解除或终止，并且符合《劳动合同法》规定的支付经济补偿金的情形，用人单位应按照劳动者的工作年限支付相应的经济补偿金。具体标准为每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资。
赔偿金：如果用人单位存在违法解除劳动合同的行为，劳动者有权要求用人单位按照法律规定支付赔偿金，这通常是经济补偿金的两倍。
三、保障劳动者合法权益
补缴社会保险：用人单位应为劳动者补缴劳动关系存续期间的社会保险费，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，以确保劳动者的社会保障权益得到落实。
提供劳动条件：用人单位应为劳动者提供符合国家规定的劳动安全卫生条件和必要的劳动防护用品，确保劳动者的工作环境安全、健康，并定期进行职业健康检查。
其他权益保护：劳动者还享有休息休假、劳动安全卫生保护、职业技能培训等权益，用人单位应依法保障这些权益的实现。
四、处理争议与纠纷
协商解决：在事实劳动关系存续期间或解除后，如果双方发生争议或纠纷，应首先尝试通过协商的方式解决。协商过程中，双方应保持冷静、理性，寻求互谅互让的解决方案。
申请劳动仲裁：如果协商无果，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。劳动仲裁是解决劳动争议的法定程序之一，具有法律效力。
提起诉讼：如果对劳动仲裁结果不服，一方可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，双方应提交相关证据材料，由法院进行审理和判决。
五、加强管理与预防
完善用工制度：用人单位应建立健全的用工管理制度，规范招聘、入职、合同签订、工资支付等环节的操作流程，避免形成事实劳动关系。
增强法律意识：用人单位和劳动者都应增强法律意识，了解自己的权益和义务。用人单位应加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和维权能力；劳动者也应了解自己的权益，必要时寻求法律援助以维护自身权益。
综上所述，事实劳动关系认定后，用人单位和劳动者应根据具体情况，遵循相关法律法规，妥善处理劳动关系，确保双方权益得到有效保障。