针对公司主张员工严重违反公司制度的情况，员工可以从以下几个方面进行辩解：

1. 审查公司制度的合法性与合理性：

   • 合法性：首先，要确认公司所依据的制度是否经过合法程序制定，比如是否经过职工代表大会或全体职工讨论、协商，是否公示或告知了员工。如果公司制度未经合法程序制定或未公示，那么该制度对员工不具有约束力，员工可以据此辩解。
   • 合理性：其次，要审查公司制度的内容是否合理。如果制度内容过于严苛、不近人情，或者与法律法规相抵触，那么员工也可以提出异议。例如，如果公司制度规定员工迟到一次就扣除全部奖金，这样的规定显然不合理，员工可以据此进行辩解。

2. 核实公司指控的事实依据：

   • 事实不清：员工可以要求公司提供具体的违规事实和证据。如果公司无法提供充分、确凿的证据证明员工确实违反了公司制度，那么员工可以主张公司指控不成立。
   • 证据不足：即使公司提供了某些证据，员工也可以从证据的真实性、合法性、关联性等方面进行质疑。比如，如果公司提供的监控录像模糊不清，无法清晰显示员工的违规行为，那么这样的证据就不能作为定案的依据。

3. 主张公司存在过错或管理不当：

   • 公司过错：如果员工能够证明公司存在过错或管理不当，导致员工在不知情或无法避免的情况下违反了公司制度，那么员工可以据此进行辩解。例如，如果公司未提供必要的培训或指导，导致员工对某项制度不了解而违反，那么员工可以主张公司应承担一定责任。
   • 管理不当：此外，如果公司存在管理混乱、制度执行不严格等问题，也可能成为员工辩解的理由。比如，如果公司其他员工也存在类似违规行为但未受到处罚，那么员工可以主张公司存在选择性执法的问题。

4. 考虑是否存在特殊情况或免责事由：

   • 特殊情况：员工可以主张在违规行为发生时存在特殊情况或不可抗力因素，导致自己无法遵守公司制度。例如，如果员工因突发疾病或紧急情况而迟到或未能完成工作任务，那么可以据此进行辩解。
   • 免责事由：根据法律法规或公司制度的规定，可能存在某些免责事由。员工可以仔细研究相关条款，看自己是否符合免责条件。

5. 寻求法律援助或调解：

   • 法律援助：如果员工觉得自己无法单独应对公司的指控，可以寻求法律援助或咨询专业律师的意见。律师可以帮助员工分析案情、制定辩解策略，并代表员工与公司进行协商或参与仲裁、诉讼等程序。
   • 调解：在劳动争议中，调解是一种有效的解决方式。员工可以主动提出与公司进行调解，通过协商达成双方都能接受的解决方案。

在辩解过程中，员工还需要注意以下几点：

• 保持冷静和理性：面对公司的指控，员工要保持冷静和理性，不要情绪化地回应或采取过激行为。
• 收集并保存证据：员工要尽可能收集并保存与违规行为相关的证据，如聊天记录、邮件、监控录像等，以便在需要时提供证明。
• 遵守法律程序：在劳动争议处理过程中，员工要遵守法律程序和相关规定，不要擅自采取行动或违反法律法规。

最后，我想强调的是，每个劳动争议案件都有其独特性和复杂性。因此，在面对公司主张员工严重违反公司制度的情况时，员工最好根据自己的具体情况和法律法规的规定来制定辩解策略。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。