结论：双方签订购销合同销售货物并开具发票，款项支付给其中一方的总公司，并签订三方协议，这种做法在法律上是可行的，但需要确保三方协议的内容合法、合规，并明确各方的权利和义务。
分析说明：
合同相对性原则：
- 购销合同是买卖双方之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。在一般情况下，合同的权利和义务仅对合同双方具有约束力。
- 若要将款项支付给其中一方的总公司，并确保这种支付方式不违反合同相对性原则，就需要通过三方协议来明确各方的权利和义务。
三方协议的法律效力：
- 三方协议是涉及三个主体的协议，只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且各方意思表示真实，该协议就具有法律效力。
- 在三方协议中，可以明确约定货物的销售、发票的开具、款项的支付等具体事项，以及各方在这些事项中的权利和义务。
款项支付与发票开具：
- 根据税收法规，销售货物或提供应税劳务的一方需要开具发票，购买方需要支付款项。
- 在三方协议中，可以约定款项由购买方直接支付给销售方的总公司，但销售方仍需按照税收法规的规定开具发票给购买方。
- 这种安排需要确保不违反税收法规中关于发票开具和款项支付的规定，避免出现虚开发票、偷逃税款等违法行为。
潜在风险与防范：
- 签订三方协议时，需要明确约定各方的违约责任和争议解决方式，以防范可能出现的法律风险。
- 例如，可以约定如果购买方未按照协议约定支付款项，销售方有权要求购买方承担违约责任；如果销售方未按照协议约定开具发票，购买方有权要求销售方承担违约责任等。
法律建议：
- 在签订三方协议前，建议各方充分协商，明确各自的权利和义务，确保协议内容合法、合规。
- 协议中应详细约定货物的销售、发票的开具、款项的支付等具体事项，以及违约责任和争议解决方式。
- 签订协议后，各方应严格按照协议约定履行各自的义务，避免出现违约行为。
- 如果在履行协议过程中出现争议，各方应首先通过友好协商解决；协商不成的，可以根据协议约定选择仲裁或诉讼等方式解决争议。
后续行动：
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