在行政案件中，若违法嫌疑人尚未明确，处理方式需结合具体案情和法律规定来综合判断，核心原则是行政机关应依法履行调查职责，通过合理手段查明违法嫌疑人，并在无法查明时依法作出相应处理。以下是具体分析：

1. 行政机关的调查职责
   根据《行政处罚法》第三十七条，行政机关在立案后需全面、客观、公正地调查收集证据。若违法嫌疑人不明确，行政机关应通过询问当事人、查阅资料、现场勘验、技术鉴定等手段，尽可能查明违法主体。例如，在环境污染案件中，可通过监测数据、排污记录锁定污染源，进而追溯责任主体。

2. 无法查明违法嫌疑人时的处理

   • 若案件事实清楚、证据充分但主体不明：行政机关可依法作出“无法确定违法主体”的结论，并终止调查程序。但需注意，若案件涉及公共利益或危害后果持续存在，行政机关仍需采取必要措施（如责令整改、消除危害），避免因主体不明而放任违法行为。
     
   • 若案件因主体不明导致证据不足：行政机关不得随意处罚，需遵循“证据确凿”原则。若无法补全证据，应依法撤销案件或作出不予处罚决定，避免程序违法。

3. 特殊情形下的处理

   • 共同违法或连带责任：若存在多个可能主体，行政机关可依据《行政处罚法》中关于“共同违法”的规定，将相关主体列为共同嫌疑人进行调查。例如，在建筑违法案件中，若无法确定具体施工方，可要求建设单位、施工单位等共同配合调查。
     
   • 公告催告程序：在部分案件中（如市场监管领域），行政机关可通过公告方式催告违法嫌疑人主动接受调查。若公告期满仍无人主张权利，行政机关可依法作出处理决定。

4. 程序合法性要求
   无论案件如何处理，行政机关均需严格遵守法定程序，包括立案、调查、告知、听证、决定等环节。若因程序违法导致案件被撤销或复议，行政机关可能承担败诉风险。

建议：若您是案件当事人或利害关系人，可主动向行政机关提供线索或证据，协助查明违法嫌疑人；若对行政机关的处理决定不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。如有具体案情，欢迎进一步向我咨询，我将结合细节为您分析。