结论：员工离职三年后公司起诉借款是否有效，需根据具体情况判断，主要涉及诉讼时效和借款事实的认定。以下从这两个方面进行详细分析：
一、诉讼时效问题
一般诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，如果公司在员工离职后三年内未就借款提起诉讼，且没有诉讼时效中断、中止的情形，那么公司可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
诉讼时效中断与中止：
- 中断：如果在诉讼时效期间内，公司向员工主张过权利（如发送催款通知、提起诉讼等），或者员工同意履行债务，那么诉讼时效会中断，并重新计算三年。
- 中止：在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权，诉讼时效会中止。从中止时效的原因消除之日起，诉讼时效期间继续计算。
最长诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。这是最长诉讼时效，适用于所有民事权利的保护。
二、借款事实的认定
借款合同或借条：
- 如果公司与员工之间存在书面的借款合同或借条，且内容明确、合法有效，那么公司可以依据这些证据提起诉讼，要求员工偿还借款。
转账记录或其他证据：
- 即使没有书面的借款合同或借条，如果公司能提供转账记录、聊天记录、录音等证据证明借款事实的存在，也有可能获得法院的支持。
借款用途与性质：
- 如果借款是用于员工个人消费或非法活动，且公司对此不知情或未同意，那么公司可能难以获得法院的支持。另外，如果借款实际上属于公司对员工的福利或奖励，而非真正的借款关系，那么公司也可能无法胜诉。
三、具体建议
收集证据：
- 公司应尽快收集与借款相关的所有证据，包括借款合同、借条、转账记录、聊天记录等，以证明借款事实的存在和诉讼时效的中断或中止。
咨询专业律师：
- 由于诉讼时效和借款事实的认定涉及复杂的法律问题，公司应咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。
考虑和解或调解：
- 如果借款金额不大或双方关系较为友好，公司可以考虑与员工进行和解或调解，以达成双方都能接受的解决方案。
示例说明：假设公司与员工之间存在一份书面的借款合同，且合同中明确约定了借款金额、还款期限和利息等条款。员工离职后，公司未在三年内提起诉讼，但在此期间曾多次向员工发送催款通知。在这种情况下，由于诉讼时效因公司主张权利而中断，并重新计算三年，因此公司仍然有权提起诉讼要求员工偿还借款。
后续行动建议：如果您是公司方，且面临此类情况，建议您尽快收集相关证据并咨询专业律师，以评估诉讼风险和制定合适的诉讼策略。如果您是员工方，且收到公司的起诉通知，也建议您及时咨询专业律师，以了解自己的权利和义务并制定相应的应对策略。
最后，如果您有任何关于债务债权或劳动工伤方面的法律问题，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。