核心结论：若员工离职两年后仍未归还因公借款，公司可通过民事诉讼追讨，但需注意诉讼时效、证据收集及程序合规性。以下是具体分析：

1. 诉讼时效问题

• 法律基础：根据《民法典》第188条，普通诉讼时效为3年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算。因公借款纠纷通常适用此规定。
• 关键点：
  • 若借款到期日（如借条约定还款日）在员工离职前，诉讼时效从到期日起算；
  • 若未约定还款日，诉讼时效从公司催告还款且员工拒绝归还之日起算（需保留催告证据，如书面通知、录音等）。
• 风险提示：若超过3年未主张权利且无中断事由（如催告、协商等），公司可能丧失胜诉权。但若员工离职后公司曾催款，时效可能中断并重新计算。

2. 证据收集与固定

• 核心证据：
  • 借款凭证：借条、借款协议、财务审批记录等，需明确借款金额、用途、还款期限及员工签字；
  • 离职证明：证明员工已离职及离职时间；
  • 催款记录：邮件、短信、律师函等，证明公司曾主张权利；
  • 公司财务制度：证明借款属于因公支出且需归还（如《员工借款管理办法》）。
• 补充建议：若证据缺失，可尝试通过员工同事证言、工作邮件等辅助证明借款事实。

3. 起诉流程与注意事项

• 步骤：
  1. 确定管辖法院：通常为被告（员工）住所地或合同履行地（如公司所在地）法院；
  2. 起草起诉状：明确原被告信息、诉讼请求（归还借款及利息）、事实与理由；
  3. 提交证据：按法院要求整理证据清单并提交；
  4. 参与诉讼：出庭答辩、质证，必要时申请财产保全。
• 注意事项：
  • 若员工下落不明，需公告送达，可能延长诉讼周期；
  • 若借款涉及公司资金挪用或职务侵占，可同步向公安机关报案（刑事与民事并行不悖）。

4. 特殊情形处理

• 员工主张借款为工资或报销：公司需提供反证（如工资发放记录、报销审批流程），证明借款与劳动报酬无关；
• 借款用于公司业务但未报销：若员工能证明借款已用于公务且符合报销条件，公司可能需先履行报销义务后再追偿。

行动建议：立即整理借款证据及催款记录，委托律师评估诉讼时效及证据充分性后尽快起诉。若需进一步协助，可直接向我咨询具体操作细节。