核心结论：事业单位在编人员停薪留职期间被单位记录为在编在岗人员，这一情况可能涉及人事管理违规、权益受损或法律风险，需根据具体情形采取不同措施。以下分情况说明：

1. 若单位记录错误，且停薪留职符合政策或合同约定

• 法律分析：根据《事业单位人事管理条例》及相关政策，停薪留职是特定情形下（如病假、进修、创业等）的临时性人事安排，单位应如实记录人员状态。若单位错误记录为“在岗”，可能影响人员考核、工资发放、社保缴纳等权益，甚至导致单位承担管理责任。
• 处理建议：
  • 书面沟通：向单位人事部门提交书面申请，说明停薪留职的依据（如政策文件、合同条款）及单位记录错误的事实，要求更正为“停薪留职”状态。
  • 保留证据：保存停薪留职申请、批准文件、工资停发证明等材料，以备后续维权。
  • 投诉渠道：若单位拒不更正，可向同级事业单位人事综合管理部门（如人社局）投诉，要求介入调查并纠正。

2. 若单位记录错误，且停薪留职未经合法程序

• 法律分析：若停薪留职未履行单位内部审批程序（如未提交申请、未获批准），或违反政策规定（如超期停薪留职），单位可能以“在岗”名义要求返岗工作或追缴工资、社保等费用，甚至以旷工为由解除合同。
• 处理建议：
  • 补办手续：尽快与单位协商补办停薪留职审批手续，明确期限和条件，避免后续纠纷。
  • 协商解决：若单位已按“在岗”发放工资或缴纳社保，可协商退还部分费用或调整记录状态，减少损失。
  • 法律救济：若单位以“旷工”为由处理，可申请劳动仲裁，主张停薪留职的合法性，并提供相关证据（如沟通记录、医疗证明等）。

3. 若单位故意虚假记录，涉嫌违规或侵害权益

• 法律分析：单位故意将停薪留职人员记录为“在岗”，可能涉及虚报人员编制、骗取财政经费、规避管理责任等违规行为，甚至构成行政违法或刑事犯罪（如贪污、滥用职权）。
• 处理建议：
  • 内部举报：向单位纪检监察部门或上级主管部门举报，要求调查并纠正虚假记录行为。
  • 外部投诉：向财政、审计等部门反映单位虚报编制、骗取经费的问题，推动行政处罚。
  • 刑事报案：若涉及重大经济损失或职务犯罪，可向公安机关报案，追究相关人员刑事责任。

4. 若记录错误导致个人权益受损（如工资、社保、晋升）

• 法律分析：单位错误记录可能影响个人工资发放、社保缴纳、职称评定、岗位晋升等权益，构成对劳动者合法权益的侵害。
• 处理建议：
  • 要求赔偿：向单位主张因记录错误导致的经济损失（如工资差额、社保补缴费用等），并要求书面道歉或恢复名誉。
  • 劳动仲裁：若单位拒绝赔偿，可申请劳动仲裁，依据《劳动合同法》《事业单位人事管理条例》等规定，要求单位承担赔偿责任。
  • 诉讼途径：对仲裁结果不服的，可向法院提起诉讼，通过司法程序维护权益。

总结：事业单位在编人员停薪留职期间被错误记录为“在岗”，需根据记录原因、程序合法性及权益受损情况，选择书面沟通、补办手续、投诉举报、劳动仲裁或诉讼等途径解决。建议优先与单位协商，并保留相关证据，必要时寻求专业法律支持。