当员工医疗期结束但仍不能工作时，根据相关法律法规，公司需要遵循一定的流程和规定来处理这种情况。以下是对此问题的详细解答：

首先，医疗期满后，如果员工因病情或伤势无法继续从事原工作，公司应当首先与员工进行沟通，并要求员工书面确认其“不能从事原工作”。这一步骤是为了确保双方对员工的健康状况和工作能力有明确的了解。

接下来，公司需要根据员工的实际情况，为其另行安排合适的工作岗位。在安排新工作时，公司应充分考虑员工的身体状况、技能特长以及岗位需求，确保新工作既不会对员工的健康造成进一步影响，也能充分发挥员工的潜力。

如果员工在接到新工作安排后，仍然因病情或伤势无法上班，那么此时员工就构成了“不能从事由用人单位另行安排的工作”。在这种情况下，公司需要再次与员工进行沟通，并要求员工书面确认这一事实。

根据《劳动合同法》第四十条第一项的规定，当员工医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作时，公司可以提前三十日以书面形式通知员工本人，或者选择额外支付员工一个月工资后，解除与员工的劳动合同。这一规定为公司提供了一定的灵活性，使其能够根据实际情况选择最合适的处理方式。

同时，无论公司选择哪种方式解除劳动合同，都需要依法支付相应的经济补偿。经济补偿的具体金额和支付方式应按照相关法律法规的规定执行，以确保员工的合法权益得到保障。

此外，如果双方对员工是否能够从事原工作或新工作存在争议，可以根据当地规定进行劳动能力（复工）鉴定。鉴定结果将作为处理争议的重要依据，有助于双方更客观地评估员工的健康状况和工作能力。

综上所述，当员工医疗期结束但仍不能工作时，公司应遵循相关法律法规的规定，与员工进行充分沟通，合理安排新工作，并在必要时依法解除劳动合同并支付经济补偿。