工厂建设要合法进行，需要遵循一系列的手续和规定，以下是一个清晰、详细且具有深度的解答：
一、基本前提与规划
保护耕地红线：
- 根据国家相关政策，如《关于农村乱占耕地建房“八不准”的通知》和《关于坚决制止耕地“非农化”行为的通知》等，工厂建设必须严格遵守耕地保护规定，不得乱占耕地，特别是永久基本农田。
符合土地利用总体规划和村庄规划：
- 工厂建设应符合当地乡（镇）土地利用总体规划和村庄规划，确保用地性质与规划相符。
二、用地批准手续
申请用地批准：
- 建设单位需向当地县级以上人民政府土地行政主管部门申请用地批准手续，提交相关证明材料，如项目可行性研究报告、用地预审意见等。
- 若涉及占用农用地，还需依法办理农用地转用批准手续。
取得《宅基地批准书》（如适用）：
- 如果工厂建设在农村地区，且涉及宅基地使用，需按照《中华人民共和国土地管理法》的规定，取得《宅基地批准书》。但通常工厂建设不会直接使用宅基地，此步骤更多针对农村住宅建设。不过，在理解流程上，它展示了用地批准的一般性要求。
三、规划许可
- 取得建设工程规划许可证：
- 在城市规划区内进行工厂建设，需向当地城市规划行政主管部门申请建设工程规划许可证，确保建设活动符合城市规划要求。
四、施工许可
满足施工条件：
- 建设单位需确保施工场地已基本具备施工条件，如拆迁进度符合施工要求、已确定施工企业等。
提交施工图纸及技术资料：
- 需提供满足施工需要的施工图纸及技术资料，且施工图设计文件已按规定进行了审查。
保证工程质量和安全：
- 施工企业需编制施工组织设计，制定质量、安全技术措施，并办理工程质量、安全监督手续。
委托监理（如适用）：
- 按照规定应该委托监理的工程，需已委托监理单位进行工程监理。
落实建设资金：
- 建设资金需已落实，并提供银行出具的到位资金证明。建设工期不足一年的，到位资金原则上不得少于工程合同价的50%；建设工期超过一年的，到位资金原则上不得少于工程合同价的30%。
申请施工许可证：
- 建设单位需向工程所在地的县级以上人民政府建设行政主管部门申请领取施工许可证，提交上述所有证明文件。
- 发证机关在收到申请后，对于符合条件的，将自收到申请之日起十五日内颁发施工许可证。
五、后续管理
施工许可证管理：
- 施工许可证应放置在施工现场备查，不得伪造和涂改。
- 建设单位应自领取施工许可证之日起三个月内开工，因故不能按期开工的，需申请延期。
施工过程中的管理：
- 在建的建筑工程因故中止施工的，建设单位需向发证机关报告，并做好建筑工程的维护管理工作。
- 建筑工程恢复施工时，也需向发证机关报告。
六、合规性审查与处罚
合规性审查：
- 发证机关及其工作人员将对申请材料进行严格审查，确保建设活动符合法律法规要求。
处罚措施：
- 对于未取得施工许可证擅自施工、采用虚假证明文件骗取施工许可证、伪造或涂改施工许可证等行为，将依法给予处罚，包括责令改正、停止施工、罚款等，构成犯罪的还将依法追究刑事责任。
综上所述，工厂建设要合法进行，需从用地批准、规划许可、施工许可等多个环节入手，确保每一步都符合法律法规要求。同时，建设单位还需加强施工过程中的管理，确保工程质量和安全。