核心结论：工厂调休扣除周末加班工资，请假工资的计算需分情况讨论，具体如下：

1. 调休与周末加班工资的关系
   根据《劳动法》第四十四条，用人单位在休息日（如周末）安排劳动者工作且不能安排补休的，应支付不低于工资200%的加班费。若工厂已安排调休（即用工作日补休替代周末加班），则无需额外支付加班费；但若调休后仍扣除周末加班工资，则属于违法行为，劳动者有权要求补发差额。

2. 请假期间的工资计算规则

   • 事假：劳动者因个人原因请假，用人单位可不支付当日工资。若请假天数涉及已调休的周末，工厂可能主张“调休已抵消加班”，但需满足两个条件：
     
     • 调休安排已与劳动者协商一致；
       
     • 调休时间与加班时间对应（如1天加班对应1天调休）。
       若工厂单方面扣除周末加班工资且未实际安排调休，劳动者可主张按200%标准补发工资。
       
   • 病假：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，病假工资不得低于当地最低工资标准的80%，与调休或加班无关。
     
   • 年假/婚假等法定假：应按正常工资标准支付，工厂不得因调休或请假扣除加班工资。

3. 工厂违法操作的应对方式
   若工厂存在以下行为，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁：

   • 未安排调休却扣除周末加班工资；
     
   • 调休未与劳动者协商一致；
     
   • 请假期间不合理克扣工资（如事假扣除超过当日工资，或病假未按标准支付）。
     建议：保留考勤记录、工资条、调休通知等证据，优先与工厂协商；协商无果可依法维权。

温馨提示：劳动法规因地区而异，具体操作需结合当地政策。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况进一步分析。