结论：公司员工驾驶培训的费用由公司支付是否合法，需根据具体情况判断，包括培训的性质、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、培训性质与劳动合同约定
职业培训：
- 如果驾驶培训是公司为了提升员工职业技能、满足工作需要而组织的，且这种培训在劳动合同中有明确约定或属于公司规章制度的一部分，那么公司支付培训费用通常是合法的，也是合理的。
- 例如，物流公司要求员工具备驾驶技能，因此为员工提供驾驶培训，并承担相关费用，这符合公司业务需求和员工职业发展的需要。
个人兴趣或非工作相关培训：
- 如果驾驶培训是员工个人兴趣或非工作相关的，且劳动合同中没有明确约定公司需承担此类培训费用，那么公司支付培训费用可能缺乏法律依据，除非公司自愿承担。
- 例如，员工个人希望学习驾驶以丰富业余生活，公司没有义务为此支付费用。
二、相关法律法规
《劳动法》与《劳动合同法》：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当为劳动者提供必要的劳动条件，包括职业培训。但这里的职业培训通常指的是与工作直接相关的培训。
- 如果驾驶培训被认定为职业培训，且符合劳动合同或公司规章制度的规定，那么公司支付培训费用是合法的。
税务与财务规定：
- 从税务和财务的角度来看，公司支付员工培训费用可能涉及税务抵扣和费用列支等问题。如果培训费用符合税务和财务规定，公司可以依法进行税务抵扣和费用列支。
- 但这并不意味着所有培训费用都可以由公司承担，还需根据培训性质和合同约定来判断。
三、实际操作建议
审查劳动合同：
- 公司应首先审查劳动合同中关于培训费用的约定，明确双方的权利和义务。
- 如果劳动合同中没有明确约定，公司可以与员工协商补充协议或制定相关规章制度来明确培训费用的承担方式。
合理规划培训：
- 公司应根据业务需求和员工职业发展需要，合理规划培训项目和费用。
- 对于与工作直接相关的培训，公司可以积极承担费用；对于非工作相关的培训，公司可以鼓励员工自行承担或提供部分资助。
遵守法律法规：
- 公司在支付培训费用时，应遵守相关法律法规的规定，确保费用的合法性和合规性。
- 如果涉及税务抵扣和费用列支等问题，公司应咨询专业税务和财务人员，确保操作正确无误。
总结与建议：公司员工驾驶培训的费用由公司支付是否合法，需根据培训性质、劳动合同约定以及相关法律法规的规定来判断。在实际操作中，公司应审查劳动合同、合理规划培训并遵守法律法规，以确保培训费用的合法性和合规性。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。