结论：组与组之间签订的土地纠纷协议，即使经过村委会盖章签字，其法律效力需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议内容合法性是基础
协议内容需符合法律规定：
- 根据《民法典》的相关规定，民事法律行为（包括签订协议）不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。因此，如果协议内容涉及非法转让土地、侵犯他人合法权益等违法行为，即使经过村委会盖章签字，该协议也是无效的。
协议需明确双方权利义务：
- 协议应当明确双方的权利和义务，包括土地的使用权、收益权、处分权等。如果协议内容模糊不清，导致双方对权利义务产生争议，那么该协议的法律效力也会受到影响。
二、村委会盖章签字的效力
村委会的角色：
- 村委会作为基层群众性自治组织，在土地纠纷处理中可能起到调解、见证的作用。然而，村委会的盖章签字并不直接等同于法律上的认可或授权。它更多是一种形式上的确认，表明村委会知晓并可能参与了该协议的签订过程。
盖章签字不改变协议本质：
- 无论村委会是否盖章签字，协议的法律效力主要取决于其内容是否合法、双方是否自愿签订等因素。村委会的盖章签字不能改变协议本身的性质或效力。
三、房屋不动产证与土地纠纷协议的关系
不动产证是房屋所有权的证明：
- 房屋不动产证是证明房屋所有权归属的法定凭证。它主要关注的是房屋本身的所有权问题，而不直接涉及土地纠纷。
土地纠纷需单独处理：
- 如果土地纠纷与房屋所有权无关，那么即使房屋已经取得了不动产证，也不能直接解决土地纠纷问题。土地纠纷需要通过其他途径（如协商、调解、仲裁或诉讼等）来处理。
四、建议与措施
审查协议内容：
- 在签订土地纠纷协议前，务必仔细审查协议内容，确保其合法、明确、无歧义。如有必要，可以请专业律师进行审查。
寻求法律帮助：
- 如果对协议的法律效力或土地纠纷的处理存在疑问，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和帮助。
考虑其他解决方式：
- 如果土地纠纷无法通过协商或调解解决，可以考虑通过仲裁或诉讼等法律途径来处理。在选择仲裁或诉讼前，也需要充分了解相关法律规定和程序要求。
总结与进一步思考：组与组之间签订的土地纠纷协议的法律效力需根据具体情况判断。在签订协议前，务必确保协议内容合法、明确；在处理土地纠纷时，可以考虑多种解决方式，并根据实际情况选择最适合的方式。如果您在土地纠纷处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。