结论前置：总包代发工资的情况下，分包仍然需要出具发票，这一要求主要基于以下法律依据和实务逻辑：

1. 分包与总包之间的合同关系及税法义务
   根据《中华人民共和国民法典》第七百九十一条，分包单位与总包单位之间存在独立的合同关系，分包单位完成约定工作后，有权向总包单位主张工程款（或劳务款）。从税法角度，分包单位收取款项属于增值税应税行为，无论款项由谁实际支付（如总包代发工资），分包单位均需按照《中华人民共和国增值税暂行条例》及实施细则的规定，向总包单位开具合法有效的增值税发票。这是分包单位履行纳税义务、总包单位抵扣进项税额的法定前提。

2. “三流一致”原则下的税务合规要求
   税务实践中强调“资金流、货物流（服务流）、发票流”一致。总包代发工资仅改变资金支付路径（资金从总包账户直接流向劳动者），但并未改变分包单位与总包单位之间的服务提供关系（即“货物流/服务流”仍由分包单位指向总包单位）。因此，分包单位仍需向总包单位开具发票，以证明服务提供事实并匹配资金流向，否则可能被税务机关认定为“虚开发票”或“未按规定开具发票”，引发税务风险。

3. 劳动者工资代发的法律性质不影响发票义务
   总包代发工资的实质是总包单位受分包单位委托，代为履行分包单位对劳动者的工资支付义务（可能基于《保障农民工工资支付条例》中总包单位对农民工工资的监管责任，或双方合同约定）。但这一代付行为仅涉及分包单位与劳动者之间的劳动关系（或劳务关系）项下的义务履行方式变更，不改变分包单位与总包单位之间的合同关系性质。因此，分包单位仍需就其提供的服务向总包单位开具发票，与工资代付行为无直接关联。

实务建议：

• 分包单位应严格区分“对劳动者的工资支付义务”与“对总包单位的发票开具义务”，避免因混淆两者导致税务风险。
  
• 总包单位在代发工资时，建议要求分包单位出具委托代付协议及发票开具承诺，以明确各方权责。
  
• 若涉及农民工工资专用账户代发，需特别注意《保障农民工工资支付条例》中关于工资发放记录、分包单位确认等程序要求，但发票义务仍需独立履行。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的合规操作。