结论：劳务公司总公司签订劳务派遣协议后委托分公司代发工资，这一做法在法律上是可行的，其依据主要来源于《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律规定中关于劳务派遣单位义务与责任的规定，以及公司内部委托管理的常规操作。以下从法律条文、实际操作、风险防控三个角度进行详细分析：
一、法律条文依据
《中华人民共和国劳动合同法》第五十八条：
- 规定劳务派遣单位是用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务，包括与被派遣劳动者订立劳动合同、支付劳动报酬等。
- 此条款明确了劳务派遣单位作为用人单位的法律地位，以及其应承担的支付劳动报酬等义务。总公司作为劳务派遣单位，有义务支付被派遣劳动者的工资。
公司内部委托管理：
- 在公司内部，总公司可以将其部分业务或管理职能委托给分公司进行。这种委托行为在法律上是被允许的，只要不违反法律法规的强制性规定。
- 总公司委托分公司代发工资，可以视为总公司将其支付劳动报酬的义务委托给分公司履行，这种委托行为在法律上并不被禁止。
二、实际操作角度
合同约定：
- 总公司在与用工单位签订劳务派遣协议时，可以明确约定工资支付方式，包括由分公司代发工资。
- 同时，总公司与分公司之间也可以签订内部委托协议，明确分公司代发工资的具体事宜，如支付时间、支付方式、责任划分等。
工资发放流程：
- 分公司作为总公司的分支机构，通常具有相对独立的财务和人事管理权限。在代发工资时，分公司可以按照总公司的指示和内部委托协议的规定，将工资直接发放给被派遣劳动者。
- 这一过程中，分公司应确保工资发放的准确性和及时性，避免出现拖欠或错误发放等情况。
三、风险防控角度
明确责任划分：
- 总公司与分公司之间应明确代发工资的责任划分，避免在出现纠纷时相互推诿。例如，可以约定因分公司原因导致工资发放错误或拖欠的，由分公司承担相应责任。
保留相关证据：
- 总公司和分公司应妥善保留与代发工资相关的证据，如内部委托协议、工资发放记录、银行转账凭证等。这些证据在出现纠纷时可以作为证明双方权利义务关系的重要依据。
遵守法律法规：
- 在代发工资过程中，总公司和分公司应严格遵守国家关于劳动报酬支付的法律法规，确保工资发放的合法性和合规性。例如，应按时足额支付工资，不得克扣或无故拖欠。
总结与建议：劳务公司总公司签订劳务派遣协议后委托分公司代发工资，在法律上是可行的。但为了确保操作的合法性和合规性，建议总公司在与用工单位签订劳务派遣协议时明确约定工资支付方式，并与分公司签订内部委托协议明确代发工资的具体事宜和责任划分。同时，总公司和分公司应妥善保留相关证据，并严格遵守国家关于劳动报酬支付的法律法规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。